今回のリリースでは：
リリース 2024-1
低分子創薬
プラットフォーム環境
Maestro グラフィカルインターフェース
- 「プロパティの変更」、「部分構造の数」、「プロパティの追加」、「逐次インデックスプロパティの追加」、「標準分子プロパティの追加」、「計算のやり直し」、および「総表面積」など、いくつかの「プロジェクトテーブル」ダイアログの使いやすさが改善されました。
- 「閉じる」ボタンと「検索中」の表示を追加し、検索ツールバーの使いやすさを向上させました
ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]
- KNIMEの汎用LiveDesign プロトコルの安定版
- Epik 7 を使用した「pKa 」予測のための新しいノード
- FEP+ のリーダーノードにAB-FEPファイルのサポートを追加しました
ターゲット 検証と構造 イネーブルメント
タンパク質の調製
- Protein Preparation Workflow において、ML対応のEpikをデフォルトで採用することで、リガンド によるイオン化／タウトマー状態の予測精度が向上した
- 欠落しているループを補完する際、必要に応じてFASTAファイルを介して配列情報を指定できる機能
複数配列ビューア／エディタ
- シーケンスおよびアノテーションをseqDファイルにエクスポートする機能
結合部位および構造 解析
Desmond 分子動力学
- 軌跡 の「プロット」に、放射状分布関数（RDF）アナライザーが追加されました
ヒット同定およびバーチャルスクリーニング
リガンド 準備
実測データおよび量子力学に基づくpKa の予測
- デフォルトで使用される新しい機械学習ベースのアルゴリズムにより、マクロpKa の経験的補正の精度が向上しました。
リードの最適化
FEP+
- FEP+ の機能改善 パネルで管理されている軌道を、FEP+ のエントリ「グループ 」から移動できるようになり、プロジェクトテーブルに保持できるようになりました
タンパク質 FEP
- 変異の生成において、側鎖の配置の際、水分子は無視されるようになりました
FEPの溶解度
- 溶解度FEPから水和自由エネルギーを計算し、血液脳関門透過性との有用な相関関係を導出する機能：溶解度FEPパネルの「詳細オプション」から、「水和のみ」モードが利用可能になりました
量子力学
- Jaguar の遷移検索において、原子ごとに異なる基底関数セットを使用する
- DFT の化学シフトおよびスピン間結合に基づいて、NMRスペクトルを予測・表示する
- cc-pvXz や def2 などの高い角運動量を持つ解析基底関数セット（QZ まで）のサポートを追加しました。
- 複合3c関数（HF-3c、PBEh-3c、HSE-3c、B97-3c、r2SCAN-3c、wB97X-3c）のサポートを追加しました。
生物学的製剤の創薬
- 冗長なPDB構造や質の低いPDB構造を除外した、新たに整備された抗体データベースにより、抗体モデリングの精度が向上しました。
- PIPERタンパク質ドッキングから、クラスタ化されていない1000個の生ポーズをすべてエクスポートするオプション
- 「CDRグラフト法による抗体のヒト化」において、グラフト化モデルにおけるヘビーチェーンおよびライトチェーンのヒト化率を報告してください。
- 集計プロファイル画像をPNG形式でエクスポートする
- Protein Patch 計算におけるパッチの詳細な特性を報告する
- 変異体の説明やエネルギー値が記載された新しいCSVファイルを活用して、残基 のスキャン結果の詳細な分析を簡単に行うことができます。
材料科学
Quantum ESPRESSO用GUI
製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース
- ナッジド・エラスティック・バンド（NEB）計算用の収束モニター
- 誘電率の計算手順（コマンドライン）
- フォノン計算の並列処理のサポート（コマンドライン）
- フォノン状態密度（DOS）について、動的行列から個別の周波数を表示するオプション
- LDA+UにおけるハバードUポテンシャルを用いたフォノン計算のサポート
- 既存のAIMDにおける平均二乗変位解析のサポート軌跡
材料情報学
製品名：MS Informatics
- DeepAutoQSAR：[Materials Informatics] の [Task] メニューからアクセスできます
- 製剤ML：化学組成に基づく機械学習を用いた物性予測
- 機械学習の特性：機械学習モデルの性能向上
- MD記述子：記述子として計算された結合エネルギー、角度エネルギー、ねじれエネルギー、およびvdWエネルギー
- MD記述子：MDシミュレーションプロトコルによる効率の向上
粗視化（CG）分子動力学
製品名：MS CG
- CG FF Builder：誘電率に基づく暗黙的な電荷評価
- DPDマッピングの自動化：複数のイオン化状態のサポート（コマンドライン）
- DPDの自動マッピング：マッピングに使用する事前定義済みパターンのサポート（コマンドライン）
- CGFFファイル（*.json）の情報を他のCGFFファイルに組み込む機能のサポート
反応性
製品名：MS Reactivity
- Schrödinger Nanoreactor：AIMDおよび半経験的量子力学（xTB）法に基づく化学反応の発見・解析モジュール
- 自動反応ワークフロー：カスタム反応速度およびKeqの計算速度が向上しました
マイクロキネティクス
製品名：MS Microkinetics
- 化学反応速度のマイクロキネティックモデリングのためのワークフローモジュール
MSMaestro のビルダーとツール
- 複合列挙：2つのリガンド ライブラリを入力として使用するためのサポート
- 複合列挙：一意なリガンドの数を指定するオプション
- 選択した原子の移動：Workspace ツールを使用して、選択した原子を回転・平行移動させる
古典力学
- ポリマーの架橋：特定の化学構造の形成を阻止するオプション
- 分子堆積：吸着物質の設定およびシミュレーションプロトコルの制御機能を強化したUIの更新
量子力学
- TST レート：キューに送信されたジョブ数
教育コンテンツ
ライフサイエンス
- 新チュートリアル：QuickShape とHit Analyzerを用いた、リガンド ベースの超大規模ライブラリのスクリーニング
- 新チュートリアル：コンセンサスIFD-MDを用いた一般的なADMET上の課題の解消
- 新しいチュートリアル：MDシミュレーション入門（Desmond
- 更新されたチュートリアル：構造 を用いた仮想スクリーニングGlide
材料科学
- 新しいチュートリアル：マイクロキネティック・モデリング
- 新チュートリアル：製剤開発のための機械学習
- 新チュートリアル：ナノリアクター
- 新チュートリアル：嗅覚タンパク質における受容体 結合のモデリング
- 新チュートリアル：Martini フォースフィールドを用いた粗視化スキンモデルの構築
- 更新版チュートリアル：固体および表面における反応性の活性化エネルギー
- 更新されたチュートリアル：分子堆積
LiveDesign
2024-1の新機能
- プロジェクトデータの閲覧範囲を制限する：制限のないプロジェクトおよび「グローバル」プロジェクトの化合物、データ、モデルが、そのプロジェクト内からアクセスできないように設定する
- タイルビューをPowerPointにエクスポートする:
- 「タイル」に対して定義されたフィールドは、エクスポート時に自動的に選択されます
- 「タイル」内のフィールドの順序は、エクスポートされたPPTXで生成された順序と一致しています。
- 各スライドに表示するタイルの数（1～8）を選択してください
- 化合物 構造 の行（SMILES の内容を含む）は、もはや含まれていません
- フォームの改善
- フォントの書式設定、背景色、文字の配置を使用して、Matrix Widget のテキストラベルセルのスタイルを変更する
- Matrixウィジェットは、さまざまな画面解像度に合わせて自動的にサイズがわずかに調整されるようになりました（列の最小幅は75ピクセル、最大幅は210ピクセルまで）。
- マトリックスウィジェットにおいて、ブール値のフリーフォーム列のセルに、より小さく、使い勝手の良いボタンが表示されるようになりました
- ランディングページの改善
- 新しい「プロジェクトリソース」ページに、重要なプレゼンテーション、メモ、論文へのハイパーリンクを追加し、プロジェクト関連資料を一元管理する
- ランディングページの「化合物 」ページ内で、化合物をお気に入りに登録してください。お気に入りに登録された化合物は、「プロジェクト概要」ページに表示されます。
- アッセイのツールチップを設定する: アッセイごとの、カラムごとの、またはLiveReportごとの設定に基づき、アッセイのツールチップに表示されるメタデータを設定します
- 管理パネル内で、アッセイ全体または特定のエンドポイントに対するパターンマッチングルールを定義し、すべてのプロジェクトの中からどのメタデータを表示するかを制御します。
- アッセイの列メニューから、LiveReport固有のメタデータの表示設定を定義します
- LDClient を使用して、アッセイのツールチップに表示されるメタデータを設定する
- 3Dビジュアライザーの機能改善
- 単位セルボックスは3Dでレンダリングできますworkspace
- ダイヘドラル角を変更するボタンが、「More」ドロップダウンから「リガンド Designer Edit」のメインツールバーに移動されました。
- 3Dウィンドウの「X」をクリックすると、パネルを非表示にするのではなく、リガンド Designerが終了します。これは、「編集完了」ボタンをクリックした場合と同じです。
- リガンド Designer に表示されるポーズ名は、明示的なリガンド Designer モデルについて、リガンド Designer の設定でアップロードされた参照ファイルの名前です。
- 複合行の改善
- 「エンティティグループ化ツール」で新しいエンティティを作成するか、既存のエンティティを複製します
- エンティティ（またはエンティティのグループ ）を「エンティティグループ化ツール」テーブルからドラッグ＆ドロップして、リレーションシップからエントリを削除するか、テーブル内のエントリをある場所から別の場所にドラッグ＆ドロップします。
- エンティティ関係メタデータ列を作成します。「データと列」ツリーにエンティティ関係メタデータ列を一覧表示し、LiveReportにエンティティ関係メタデータ列を追加して、LiveReport内でメタデータ値を表示します。
- 「エンティティグループ化」ツールに複合メタデータ列を追加し、新しいエンティティのメタデータを編集する
- 管理パネルの「タスク」ページでは、無制限の数のタスクを強制終了できるようになりました
- LDClient Python からアッセイのメタデータを取得するAPI
- 「Generic Entity」の実験のインポートでは、インポートが完了すると通知が表示され、インポートの概要へのリンクが掲載されるようになりました。
- レイテンシを低減するため、ユーザーによる操作（フィルタリングやR-グループ 分解など）は、高度な検索の自動更新といったバックグラウンド処理よりも優先度が高くなりました。
修正された点
- 汎用エンティティ
- 列ヘッダーが重複しているジェネリックエンティティの実験ファイルをインポートすると、警告メッセージが表示されます
- LDClient を通じて汎用エンティティをインポートする際、リクエストで特定のファイルを使用してエンティティを更新しようとすると失敗していましたが、現在はインポートが正常に実行されるようになりました
- 「汎用エンティティ」用にインポートされた実験は、データおよび列ツリーの「実験アッセイ」フォルダに表示されます。
- 「エンティティのグループ化」ツールでは、数万行のデータを素早く読み込めるようになり、ツール内の操作のパフォーマンスも向上しました。
- 「汎用エンティティのメタデータ」のツールチップが、タイル表示で正しく表示されるようになりました
- 「タイル表示」で、汎用エンティティのファイルアイコンが正しく表示されるようになりました
- 以前は、ジェネリックエンティティの実験結果をインポートする際、インポートが正常に完了した場合でも不要なエラーメッセージのダイアログが表示されていましたが、現在はエラーダイアログが表示されなくなりました。
- 「エンティティ」列のメニューにある「テキストとして表示」オプションを使用すると、汎用エンティティのアイコンが歪んで表示されていましたが、現在は空の値が正しく表示されるようになりました
- LiveReportsをCSVおよびXLS形式でエクスポートする際、以前はロットプロパティに値が設定されている汎用エンティティのエクスポートに失敗していましたが、現在はそれらのエンティティと値が正しくエクスポートされるようになりました
- 「インポート」パネル内の「ファイルの管理」ボタンをクリックすると、以前は「ファイルのインポート」ダイアログが開いていましたが、現在は「ファイルの管理」ダイアログが開くようになりました
- LRを切り替える際、エンティティ・バンクとリレーションシップ・テーブルは現在のLRと同期されます。
- モデル
- Taskengineでは、モデルを実行する際にSchrodinger Suiteが見つからないことが時折ありましたが、現在はSchrodinger Suiteを正しく検出してマウントできるようになりました
- PyMOL モデルによって生成されたセッションファイル（.pse）は、リガンド 付近で切り捨てられずにいましたが、現在は正常に切り捨てられるようになり、ファイルサイズが縮小され、3Dビジュアライザーでの読み込み時間が短縮されるようになりました。
- ネットワーク接続の問題により、長時間実行されていたモデルタスクの結果がLiveDesign にインポートされないことが時折ありましたが、現在は正常にインポートされるようになりました。
- LiveDesign 以前は、一部のモデルタスクがTaskEngineのキュー内で「Submitted」ステータスのまま長時間留まっていると、誤って「Failed」と判定されていましたが、現在はLiveDesign がタスクを正しく実行し、結果をインポートするようになりました
- 3Dモデルの列では、時折セルが空白になることがありましたが、現在は常に「3D利用不可」、「失敗」、またはメタンアイコンのいずれかが表示されるようになりました。
- LiveReport内の「保留中」のセルは、管理パネルでタスクが強制終了された場合でも点滅し続けていましたが、現在はタスクが強制終了されたことを正しく表示するようになりました
- モデル内で ${LIVEDESIGN_URL} マクロを使用すると、LiveDesign への接続に失敗していましたが、現在は正常に接続できるようになりました。LiveDesign
- 3Dビジュアライザー
- 3Dビジュアライザーの「カスタムスタイルをリセット」ボタンは、タンパク質に適用されていた一部のスタイル設定をリセットできていませんでしたが、現在は選択された原子を含め、すべてのスタイル設定を正しくリセットするようになりました。
- 3Dビジュアライザーで適用されたスタイルは、3Dビジュアライザーをポップアウトモードに切り替えた後に表示されるようになりました
- リガンド ドッキングキューが空の場合、デザイナーセッションに「キューにドッキングジョブが0件あります」というメッセージが表示されなくなりました
- 3Dビジュアライザー内でリガンドやタンパク質に適用された色の変更がすべて保存されるわけではなかったが、現在は色の変更が正しく保存されるようになった
- あらすじ
- 「プロット」の「ツールチップの設定」ダイアログでは、ツールチップの変更をキャンセルした後、「表示されるフィールド」セクションに列が誤って表示されることがありましたが、現在は「表示されるフィールド」セクション内に正しく列が表示されるようになりました。
- ヒストグラムプロット内の色区分順序は、以下の順序で表示されるようになりました。「色分けルール」ダイアログで定義された順序に従って、カテゴリ別色分けルールが適用されます。グラデーションおよび数値による色分けルールは、数値のソート順に基づいたビンの順序に従います。
- 以前は、長いエンティティIDがプロットのツールチップからはみ出していたが、現在はプロットのツールチップ内で改行されるようになった
- データ量の多いグラフは、SVG形式でエクスポートできます。Firefox
- 箱ひげ図では、外れ値のデータポイントの周囲に枠が表示されるようになりました
- 箱ひげ図内でボックスを選択すると、中央値の線が非表示になっていましたが、現在は選択の有無にかかわらず、常に中央値の線が表示されるようになりました
- プロットのツールチップを設定するダイアログで、「表示されるフィールド」セクション内のツールチップに列が正しく表示されるようになりました
- ジッターバナーは凡例の前に表示され、互いに重ならないように表示されます
- フィルター
- ドロップダウンリストには、以前はフィルターが適用された後にLiveReportに表示されていた選択肢のみが表示されていましたが、現在はLiveReportのすべての選択肢（フィルターによって除外された選択肢も含む）が表示されるようになりました。
- 数値フィルタは、最大で 1e-9 の精度を表示するようになりました
- LiveReportのフッターにある選択ナビゲーションインターフェースに、化合物の優先IDが表示されるようになりました
- 以前は、LiveReport内にジェネリックエンティティが存在しない場合でも、LiveReportのフッターには「表示されているエンティティ」と表示されていましたが、現在は「表示されている化合物」と表示されるようになりました。
- ブール型フリーフォーム列では、現在、チェックマークと「X」アイコンが正しく表示されるようになりました。Firefox
- サブストラクチャおよび類似性検索では、以前はLiveDesignで設定された検索結果の最大返却数を使用していたが、現在はシステムで設定可能なデフォルト値に基づいて、返却される検索結果の最大数を正しく使用している。
- Reaction列挙型またはR-グループ 列挙型の列を含むLiveReportは、以前より素早く開くようになりました
- 大規模なLiveReportsにコンパウンドを追加すると、時折一時的に表示されなくなることがありましたが、現在はLiveReports内で正しく表示されたままになります
- 自動更新機能を備えた高度な検索を備えたLiveReportsでは、必要以上にレポートを更新しようとする動作がなくなりました。この動作は、ユーザーの操作（R-グループ の分解やフィルターなど）と競合し、操作を遅らせていました。
- モデルオプションがピックリストで定義されていた場合、「パラメータ化モデル」ダイアログ内でドロップダウンの選択肢が完全に表示されていませんでしたが、現在はドロップダウンの選択肢が正しく表示されるようになりました
- 「Matched Molecular Pair」ツールは、LiveReport内で複数の化合物 の選択を切り替えながらMMPツールを使用する場合でも、正しく動作するようになりました。
- ユーザー名は大文字と小文字を区別しなくなり、大文字と小文字が異なるユーザー名は重複として扱われます。
- LDClientでは、認証にトークンを使用した場合、LiveReportをCSV形式で正常にエクスポートできるようになりました
- カンバンウィジェットでは、既存の化合物に適用されていたものの、フリーフォーム列の設定から削除され、新しい化合物には適用できないピックリスト形式のフリーフォーム列の値が、正しく表示されるようになりました。
- 複合行の親を選択してモデルを再計算すると、以前はすべての子行の再計算がトリガーされていましたが、現在は選択された親行のモデルのみ再計算されるようになりました
- 未公開の列を含むマトリックスウィジェットが配置されたLiveReportを複製しても、マトリックスウィジェットが正常に表示されなくなることはなくなりました
- 化合物 R-グループ の分解においてスキャフォールドを使用する場合、化合物 のアラインメントにスキャフォールドを使用する場合、および列挙で化合物を使用する場合、LiveReportに化合物 を追加する際に、スケッチャー内の向きが保存されるようになりました。
- ランディングページにおける「最近追加された化合物」の日付範囲フィルターが、正しく表示されるようになりました
- リガンド デザイナーセッションが「読み込み中」の状態から抜け出せなくなることはなくなりました
- 「列をパラメータとして指定する」モデルでは、入力列が「Other」タイプ（「リガンド」や「Protein」タイプとは異なる）としてタグ付けされた3D列である場合、各入力が個別の行としてリスト化された、正しくフォーマットされたCSVファイルが生成されるようになりました。
- ヒートマップでは、選択された化合物が緑色で強調表示されています
- 管理パネルの「モデルタスク」ページでは、タスクの出力に予測列が欠落している場合、その旨が表示されるようになりました
- 表示すべきプロジェクトの数が多いため、以前は5秒の遅延を経てプロジェクトピッカーが表示されていましたが、現在は即座に表示されるようになりました
- SDFのエクスポート容量は以前は20MBに制限されていましたが、現在は4GBに制限されています。
- LiveDesign 以前はデータベースのロックが原因で時折フリーズすることがありましたが、現在はフリーズしなくなりました
リリース 2023-4