リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• Workspace のコンテキストメニューから、インタラクティブな非標準タンパク質残基 変異のサポートを追加しました [2023-2]
• 最大5K解像度のGIFを保存（Workspace → Animate） [2023-2]
• アトムラベルの数を制限する新しい設定により、予期せぬ視覚的な雑然さを軽減 [2023-2]
• Maestro PyMOL への接続 [2023-2]
  • Maestro のシーンから、シンプルなPyMOL ムービーを作成する
• Maestro LiveDesign への接続 [2023-2]
  • 新しいアクセスポイントと接続状態インジケーターを使用して、LiveDesign サーバーに接続する
  • シングルサインオン（SSO）トークンを保持・再利用し、ログインプロセスを効率化する
  • 「エクスポート」パネルを介して、Maestro のデータをLiveDesign に取り込む、効率化されたプロセスを活用しましょう
• 構造のエクスポート – MD対応の構造 ／軌跡 をCMSファイルにエクスポートする新オプション [2023-2]
• 新しい「原子のプロパティを表示（ベータ版）」パネル [2023-2]
  • 選択した原子の複数の原子特性を一覧表示する
  • 選択された連続した原子について、SMARTS ／SMILES のパターンを表示し、カーソルを合わせた原子のSMARTS インデックスも含める

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• KNIMEの最新バージョン [2023-2] が含まれています
• 「プロパティの抽出」ノードの設定パネルの使いやすさを改善 [2023-2]
• LiveDesign のノードおよびプロトコルの更新：[2023-2]
  • LiveDesign 入力ノードの、柔軟な入力列チェック機能
  • 追加のKNIME拡張機能をインストールするためのKNIMEプロトコルセクションは、より堅牢になっています

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• 結合次数および電荷は、結合次数がないリガンドおよび残基 に対してのみ追加するか、あるいは再割り当てできるようになりました [2023-2]

タンパク質のX線結晶構造精密決定

• Phenix/OPLSの実行時の堅牢性が向上しました [2023-2]
• Phenix/OPLSの重みスキャンから得られる最適な精製統計量を検証するための新しいプロット [2023-2]
• Phenix/OPLSのウェイトスキャンは、精細化パラメータのほぼ最適な組み合わせを自動的に選択する [2023-2]

AlphaFold のダウンロード／処理手順

• ダウンロードされたAlphaFoldの構造データには、PAE行列の自動生成されたヒートマップが添付されています [2023-2]
• 処理済みのAlphaFold構造について、オプションでキャップを設定したり、pLDDTの閾値を変更したりできるようになりました [2023-2]

複数配列ビューア／エディタ

• 抗体中のバーニエ領域残基 を検出・アノテーションするための新手法 [2023-2]

IFD-MD

• ターゲット （リガンド ）にねじりパラメータが欠落している場合に、視覚的なインジケーターを追加しました [2023-2]

Desmond 分子動力学

軌跡 のプロット表示の改善 [2023-2]

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

リガンド 準備と構造の生成

• LigPrep のインターフェースおよびコマンドライン実行において、Epik 7のpKa 予測を完全にサポート [2023-2]

実測データおよび量子力学に基づくpKa の予測

• Epik 7のログファイルに、酸・塩基の共役ラベルが追加されました [2023-2]

ヒット分析

• 分子特性、リガンド の機能位置、および形状アラインメントに基づいて、バーチャルスクリーニングキャンペーンからのヒットの対話型解析および選択を効率化する、新しいヒット解析インターフェースを公開 [2023-2]

アクティブ・ラーニングの活用例

• 既存のFEPデータを用いて、相対的および絶対的なAL-FEPの学習を行う機能を追加しました [2023-2]
• 相対的および絶対的なAL-FEPについて、機械学習によって優先順位付けされた化合物のヒストグラムを追加しました [2023-2]
• 相対および絶対AL-FEPの初期状態での性能を向上させるため、機械学習のデフォルト設定を変更した [2023-2]

ABFEP

• 不活性リガンドを迅速に除外する新機能により、ABFEPのスループットを劇的に向上 [2023-2]

リードの最適化

マクロサイクル

• FEP+ マップにおけるマクロサイクルの原子マッピングの改善 [2023-2]

FEP+

• FEP+ インターフェースにおける州の人口を自動入力する新機能 [2023-2]
• FEP+ インターフェースの「概要」タブにおいて、結果を1つの列（値 ± 誤差）で表示する機能が改善されました [2023-2]
• FEP+ ジョブの実行中に生成された力場パラメータを、Maestro の設定で定義されたパラメータと自動的に統合するオプション [2023-2]
• 「詳細設定」から、相対結合FEP+ 用の代替水モデルを選択するオプション [2023-2]
• 不活性リガンドの高速フィルタリングによるABFEPのスループットの劇的な向上 [2023-2]
• FEP+ マップにおけるマクロサイクルの原子マッピングの改善 [2023-2]

タンパク質 FEP

• すべてのタンパク質／リガンド 選択性シミュレーションにおいて、タンパク質の熱安定性を同時に予測する機能 [2023-2]
• FEP+ インターフェースにおけるタンパク質残基 変異の摂動トポロジーを対話的に編集する機能 [2023-2]

定pHシミュレーション（ベータ版）

• FEP+  における、滴定可能な残基 側鎖の物理的終状態のサンプリング改善による、タンパク質pKa 予測の精度の大幅な向上 [2023-2]

量子力学

• 剛体および緩和座標スキャンにおける励起状態エネルギーのプロット機能の追加 [2023-2]
• VCD/IRスペクトル_alignユーティリティにおける、均一なスケーリングに基づくアラインメントのサポート [2023-2]

半経験的量子力学

• Jaguar 内およびJaguar ベースのワークフローにおいて、GFN2-xTBを使用する機能 [2023-2]

生物学的製剤の創薬

• 複数のCPU上で並列実行が可能となり、タンパク質記述子の計算スループットが向上した [2023-2]
• タンパク質表面の計算速度が最大5倍向上 [2023-2]
• 単鎖Fvのモデリング機能が、抗体予測インターフェース「構造 」に組み込まれました [2023-2]
• F(ab)2 フォーマットのモデリング機能が、抗体予測インターフェース「構造 」に統合されました [2023-2]
• MSVは、タンパク質間ドッキングインターフェースから直接アクセスできるようになりました [2023-2]
• 抗体データベース管理インターフェースで選択したエントリを、MSVおよびMaestro  にエクスポートできるようになりました [2023-2]

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

• Quantum ESPRESSO：ハイブリッド汎関数を用いたディスク使用量の削減 [2023-2]
• Quantum ESPRESSO：QEインポートGUIにおいて、最終的な構造 のみをインポートするオプション [2023-2]
• Quantum ESPRESSO：ハイブリッド関数を用いたq点メッシュの自動設定 [2023-2]

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

製品名：MS Transport

• 拡散係数ビューア：拡散トレース用に選択された原子の可視化 [2023-2]
• 粘度：解析に利用できるせん断応力の範囲が拡大されました [2023-2]

材料情報学

製品名：MS Informatics

• 機械学習のプロパティ：予測に失敗したエントリがある場合は、そのレポートを表示する [2023-2]
• 機械学習の特性：分子液体の密度予測 [2023-2]
• 機械学習における物性：予測された物性から不確実性を測定するモデル [2023-2]

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

• CG FF Builder: 収束に向けたデフォルト設定の改善 [2023-2]
• CG FF Builder：初期値の設定オプション [2023-2]
• CG FF Builder：ビューアでフォースフィールドファイルを保存するオプション [2023-2]

誘電特性

製品名：MS 誘電体

• 複素誘電率：ソースから抽出された双極子モーメントサンプルの長さを調整するオプション軌跡 (コマンドライン) [2023-2]

MSMaestro のビルダーとツール

• Crystal：格子定数が含まれていないPDBファイルをインポートする際の格子定数編集オプション [2023-2]
• セルの操作：選択した操作に対して複数の入力値を受け付けるオプション [2023-2]
• メタワークフロー：分子量子力学（QM）シミュレーション段階のサポート [2023-2]
• Meta Workflows：後続のステージにおけるESP料金を計算するオプション [2023-2]
• 半結晶性高分子：半結晶界面の構築における堅牢性と速度の向上 [2023-2]

古典力学

• 結晶形態：適切な入力セルサイズを設定するためのポップアップガイドラインの改善 [2023-2]
• MDベースのワークフローパネルにおける基質拘束用の原子選択機能のUIを改善 [2023-2]
• Droplet：既存のMDシミュレーション軌跡 を入力として取り込むオプション [2023-2]
• Droplet：接触角予測のための組み込みおよびカスタム溶媒のサポート [2023-2]
• エレクトロポレーション：膜のエレクトロポレーションをシミュレーションおよび評価するためのワークフローモジュール [2023-2]
• Evaporation：ワークフロー設定パネルのUIを刷新 [2023-2]
• 蒸発：複数の溶媒の蒸発に対応 [2023-2]
• 蒸発：蒸発ゾーンの定義に柔軟性が追加されました [2023-2]
• 蒸発結果：1回以上の反復計算による荷重構造をプロジェクトテーブルに読み込む [2023-2]
• MD多段階法：負の外部電界のサポート [2023-2]
• MD Multistage：重心速度を除去するオプション [2023-2]
• 応力・ひずみ：正弦波荷重のサポート（コマンドライン） [2023-2]

量子力学

• 吸着の列挙：吸着におけるブリッジサイトおよび中空サイトを設定するオプション [2023-2]
• 複合列挙：プロジェクト・テーブルにおけるリガンド の交換安定性に関する報告 [2023-2]
• シングレット励起エネルギー移動速度（SEET）の予測（コマンドライン） [2023-2]

教育コンテンツ

• 新チュートリアル：スピネル型挿入化合物の電圧特性曲線の算出 [2023-2]
• 新チュートリアル：イオン伝導度のための機械学習 [2023-2]
• 新しいチュートリアル：エレクトロポレーション [2023-2]
• 更新：蒸発 [2023-2]
• 更新：飛沫接触分析 [2023-2]
• 更新：粘度 [2023-2]
• 更新：機械学習による物件予測 [2023-2]

LiveDesign

2023-2の新機能

LiveDesign のKubernetes対応バージョンには、以下のものがあります：

• 複合行
  • エンティティ間の関係を作成して、複雑な混合物の構成をより明確に把握できるようにします。エンティティをサブコンポーネントとして関連付け、インデントされた行として表示します。
  • 混合物を構成する成分を確認することで、医薬品の製剤についてより深く理解することができます
  • 立体異性体混合物の組成をより明確に定義する
  • さまざまな電池電解液の配合の違いを分析する

LiveDesign のすべてのバージョンには、以下の機能が含まれています：

• フォーム
  • Matrixウィジェットを使って、データを独自の密な配置で表示する
  • 化合物 の画像ウィジェット内で、化合物 のIDを直接検索する
  • 更新されたカラムシャトル機能により、フォームの設定をより迅速に行えるほか、同定 のカラムをウィジェットに素早く追加できるようになりました
  • メニューオプションを使用して、カンバンウィジェット内のすべてのスイムレーンを折りたたむ、または展開する
  • ウィンドウ内にウィジェットが1つだけある場合、フォームのウィジェットタイトルは自動的に展開され、長いウィジェットタイトルが表示されます。
• 任意のカスタムを表示 実験メタデータ アッセイのツールチップ内
  • Data Integrator を通じて、企業のアッセイデータ収集システムからLiveDesign に任意のメタデータを追加することができます。
• 汎用エンティティ – あらゆる種類のモダリティを保存、モデル化、分析し、LiveDesign
  • 実験データの削除および上書き
  • ロットに新しいデータを追加する
• 3Dビジュアライザー
  • ハロゲン結合と塩橋の相互作用を表示する
  • 「残基 」ラベルにチェーンIDを表示する
• Maestro セッションとLiveDesign サーバーの統合プロセスが大幅に効率化されました
  • Maestro 上で、接続済みのLiveDesign サーバーの視覚的な通知、ユーザーアカウントの呼び出し、および有効なシングルサインオンによるLiveDesign への自動接続を活用できます。
• UIおよびUXの改善
  • LiveReportのスプレッドシート表示で、列グループと列ヘッダーのサイズを個別に設定する
  • スプレッドシートで列タイトルにカーソルを合わせると、ツールチップにその列のメタデータが表示されます
  • データポイントを選択した後、プロット上でそのデータポイントの本来の色を表示する
  • データポイントが隠れないように、プロットの凡例を展開または折りたたむ
  • プロットのツールチップから「化合物 」の画像を削除する
  • 「アッセイデータビューア」ツールで列の幅を変更する
  • 行単位モード間の切り替えをより簡単に行う
  • split() 関数など、文字列を操作する式では、角括弧やアンパサンドを使用します。
  • ファイルから化合物をインポートし、ID に基づいて照合を行う際、一致しない行はスキップされ、インポートに失敗した ID が一覧表示されるようになりました。

修正された点

• セルの塗りつぶしルールは、タイルの端を越えて適用されなくなりました
• 「データと列」ツリーのツールチップには、各ユーザーに割り当てられた権限に基づいて、列に対して適切な「表示」ボタンまたは「編集」ボタンが表示されます。
• 管理パネルで設定された日付および日時表示形式は、ロールが「ユーザー」に設定されているすべてのユーザーに適用されるようになりました。
• カンバンウィジェット内のフリーフォーム列のピックリスト値を編集すると、そのタイルの位置がカンバンウィジェット内で即座に更新されます。
• サブ構造の画像を含む数式列のフィルタ条件では、サブ構造の画像が正しく表示されます
• ファイルが添付されている列でのフィルタ条件設定時、候補一覧のドロップダウンにファイルIDが表示されなくなりました
• フォームを表示している際、フォームはグラブカーソルの代わりにポインタカーソルを正しく表示します
• フォームでは、カンバンウィジェットからスプレッドシートおよびテーブルウィジェットへのドリルダウンがサポートされるようになりました
• フォームでは、同じカスタムツールの複数のインスタンスがサポートされるようになりました
• ヒストグラムや円グラフでは、等間隔で分割された所定数のビンを作成することができます。
• Forms内のヒストグラムプロットで、カスタムビンの定義が可能になりました
• LiveDesign プリプロセッサの設定に未サポートのフィールドが含まれていても、実行が開始されます
• MPOの望ましさセルの境界線は、色がプロキシ値によって定義されている場合、色が表示されなくなりました
• ドリルダウン選択機能を備えたフォームウィジェットで、MPOのツールチップが表示されるようになりました
• ピックリストのフリーフォーム列で、アッセイ列の日付を一括コピーできるようになりました
• 「ハイライトされたサブ構造」列を使用するプロットでは、ヒストグラムや円グラフでカスタムビンを定義する際、化合物 の画像が表示されるようになりました。
• 回帰直線を含むグラフは、軸が対数スケールに変換されると、正しくスケール調整されます。
• 対数軸のグラフでは、負の値が表示されなくなりました
• 数値IDを持つ試薬は、「反応列挙」内で使用された場合、そのデータが正しく引き継がれます。
• 3つの軸と多数のデータポイントを含む散布図では、エクスポート時に空白が表示されなくなりました
• カンバンウィジェットで、キーボードのShiftキーを押したままタイルの範囲を選択すると、表示されているタイルのうち、垂直方向の範囲内にあるものだけが選択されるようになりました。
• 管理パネルで設定された、1つのプロット内に許可されるデータポイントの最大数が、ロールが「ユーザー」に設定されているすべてのユーザーに適用されるようになりました。
• Forms でプロットタブを切り替えた際、正しいデータポイントのツールチップが表示されるようになりました
• フィルタ条件に入力したテキストのうち、保存されていないものは、ドロップダウンリストからオプションを選択すると削除されるようになりました