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设计高质量的配体库


探索化学空间、分析并优化配体库、验证对接模型,以及用于先导化合物发现的枚举方法

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可用语言
中文、英语、日语、韩语
时长
5周 / 最多20小时
级别
中级
成本
非学生用户需支付 715 美元
学生/博士后 270美元
课程时间安排
为期五周的自主学习课程。报名时,您将选择课程的开始和结束日期。在该时间段内,您可以异步访问课程资料和虚拟工作站,并根据自己的时间安排灵活安排学习进度。

随着虚拟和实体配体库的显著扩展,人们越来越关注在将这些库用于高通量虚拟筛选等先导化合物发现工作流程之前,对其进行筛选和特征分析,以使其针对特定靶点和项目。

施罗丁格的在线课程《设计高质量配体库》将传授配体库设计的最佳实践,以及如何制备和使用配体来验证模型。 

本课程非常适合希望通过获得证书和徽章来提升职业能力、丰富简历的人士。

  • 亲身体验施罗丁格公司业界领先的Maestro软件及其命令行界面
  • 通过学习可直接应用于当前项目的研究方法,为您的研究计划开个好头
  • 学习从基于反应的枚举到库性能分析等各类主题
  • 独立完成一项案例研究,以证明已掌握课程内容
  • 您可以获得施罗丁格教育团队专家对课程作业及课程相关问题的评审和反馈
  • 在课程期间,您可以根据自己的时间安排,在方便的时候自主学习课程材料。

 

本课程提供基于网页的薛定谔软件(Schrödinger)的使用权限,并配备了课程所需的许可和计算资源:

要求
  • 一台配备可靠高速互联网连接(8 Mbps 或更高)的计算机
  • 鼠标和/或外接显示器(推荐但非必需)
  • 具备普通化学的实用知识
  • 具备Maestro的基本操作知识。本课程不会教授如何操作Schrödinger的图形用户界面Maestro。请先学习我们的《Maestro入门指南》相关资料,以熟悉Maestro的使用方法。
认证
  • 由薛定谔课程负责人签署的证书
  • 一枚可以发布到社交媒体(例如领英)上的徽章
背景图案

您将学到什么

实化学空间与理论化学空间的基本概念

对供应商文库进行分析以评估其组成,并执行各种枚举操作,从而生成基于计算的枚举文库

图书馆的设计流程

了解筛选配体库的策略和注意事项,以便在保持多样性的同时剔除明显的缺陷

用于模型验证的富集分析计算

学习常用的诱饵生成工具,以及各种替代方法,为您的研究项目构建合适的诱饵/未知配体

图书馆设计在HTVS领域的应用前景

运用您的技能,独立构建配体库,以满足目标和项目特定的要求

模块

第1模块
2小时

高质量配体库在高通量虚拟筛选中的价值

检查点
课程大纲与荣誉守则

对学术诚信的期望

视频
视频
  • 课程概述
  • 虚拟筛选概述视频以及高质量配体库对虚拟筛选工作流的重要性
结束检查点
模块结束检查点
第2模块
6小时

生成化学空间并利用商业配体库

视频
视频
  • 生成化学空间的方法
  • 了解商业图书馆及其设计流程
教程
教程
  • R基团与基于反应的枚举
  • 库分析
结束检查点
模块结束检查点
第3模块
4小时

配体库的筛选与制备

视频
视频
  • 配体库筛选策略
  • 用于虚拟筛选的配体制备及HTVS的后续步骤
教程
教程
  • 执行子结构和负债筛选
  • 进行LigPrep并为形状筛选做准备
结束检查点
模块结束检查点
第4模块
4小时

构建配体库以验证模型

视频
视频
  • 配体库在模型验证中的作用
  • 生成诱饵配体集的其他方法
教程
教程

生成、筛选、制备并应用一套诱饵配体用于富集分析

结束检查点
模块结束检查点
第5模块
6小时

最终案例研究:独立设计配体库

视频
视频
  • 案例研究概述
  • 案例研究结果与课程总结
教程
教程

为新项目构建、筛选、制备和评估配体库

作业
作业

审查并讨论案例研究的结果

课程结业
课程结业与证书

需要帮助申请施罗丁格在线课程的资金吗?

我们自豪地支持新一代科学家,并致力于为资源有限的人士提供机会。无论您是学生、博士后还是行业科学家,都可以了解我们在线认证课程的资助方案,并立即报名!

校友心声

“这门课程很有帮助,因为我学到了入门课程中未涉及的额外概念,例如配体的特征分析与筛选……,以及从大型化合物库中识别有效化合物的标准。”
弗里鲍恩·鲁韦,斯坦福大学医学院讲师
“这门课程非常精彩,让我们深入了解了在开展HTVS之前,为何需要对虚拟化合物库进行准备和预筛选。它帮助我的团队理解了在与客户合作时现场的情况,这将有助于我们提供更好的支持。此外,在我们开发自己的虚拟化合物库时,这门课程也有助于我们思考应将哪些化合物纳入其中。”
德伦·科塞奥卢的半身照
德伦·科塞奥卢,eMolecules 销售副总裁
“这是一门非常棒的课程,让我学会了如何从大型化合物库中筛选出具有药物样特性的候选化合物。我很乐于在案例研究中应用所学知识,并期待在自己的研究中运用这些知识。”
凯特·科斯滕科娃,明尼苏达大学学生
“能有一群高水平的教授来指导计算化学课程,真是太棒了。我认为,在计算机模拟中构建配体库是一项在许多情况下都极其实用的技能。作为一名计算生物学家,能在课程中掌握这项技能让我倍感欣慰。非常感谢整个学习过程,一如既往,Schrödinger 始终是最好的。”
安德烈斯·R·Ch·普拉达,生物学家,生物统计学理学硕士,计算生物学理学硕士,安第斯大学分子生物学硕士
“说实话,我真的很喜欢这门课程,也学到了很多东西。我一定会向其他计算化学家推荐这门课程。”
莎拉·维尔霍夫,埃默里大学博士研究生
“作为一名拥有软件工程基础背景的数据工程师,本课程极大地提升了我与计算化学家协作的能力。课程在理论与实践之间取得了宝贵的平衡,为我提供了在为同事设计数据处理流程时做出技术决策所需的科学背景。”
莉莉安·坎贝尔
莉莉安·坎贝尔,Oddity Labs 数据工程师
“本课程提供了关于配体库设计的实用、动手操作培训,使我掌握了优化虚拟筛选化合物选择的技能。其中的案例研究和工具可直接应用于我的药物发现工作,现在我已能够自信地根据化合物特性、多样性及与靶点的相关性对配体库进行筛选。这些知识将提高我在基于结构的项目中的研究效率和决策能力。”
刘伟良,济南大学学生
“关于物理化学性质、结构多样性以及基于形状的筛选的深入讨论,加深了我对如何设计化合物库的理解——既能最大限度提高命中率,又能最大限度减少不必要的复杂性。我认为特别有价值的是,课程特别强调将理论概念应用于实际情境。总体而言,这门课程显著增强了我为早期药物发现工作做出贡献的能力。”
林基·辛格,普渡大学博士后研究员
“这门课程帮助我理解了如何将原始配体库转化为干净、具有药物样特征的数据集,以便进行虚拟筛选。教程内容非常实用,现在我在自己的研究中使用LigPrep和canvasSearch等工具时更有信心了。我强烈推荐这门课程给所有从事计算药物发现工作的人。”
达尼亚·巴瓦齐尔,阿卜杜勒阿齐兹国王大学遗传学专业硕士研究生

通过课程徽章和证书,展示你新掌握的技能

当您完成我们提供的分子建模课程,并准备将所学知识分享给同事和雇主时,可以在您的 LinkedIn 个人资料中展示您的证书和徽章。

常见问题

“图书馆设计”在线课程的费用是多少?

课程费用因课程不同及学员类型而异。对于希望参加本课程的学生,我们提供255美元的学生价;非学生则为680美元。

讲座是什么时候?

课程开始后,所有课程均为异步进行,您可以根据自己的时间安排,随时观看自主学习的视频、教程并完成作业。

我该如何支付这门课程的费用?

有兴趣的参与者可通过完成注册并使用信用卡支付通道进行即时报名来支付课程费用。请注意,您必须使用信用卡支付,因为我们不接受借记卡。此外,我们可根据要求提供采购订单,如需此选项,请发送电子邮件至 online-learning@schrodinger.com。如果您对课程付款方式有任何疑问,请访问我们的“付款方式”页面。

如何在注册前预览课程?
是否有面向学生的奖学金机会?

施罗丁格致力于为资源有限的学生提供支持。施罗丁格的使命是通过革新药物和材料的发现方式,改善人类健康和生活质量。施罗丁格自豪地支持新一代科学家。我们设立了一项奖学金计划,面向能够证明有经济困难并获得学术导师支持声明的全日制学生或博士后研究人员。 如果您符合我们的奖学金计划申请条件,请填写申请表!

课程结束后,学习资料还能继续使用吗?

虽然课程结束时将无法再访问该软件,但课程中的部分资料(幻灯片、论文和教程)可供下载,以便您在课程结束后随时查阅。其他资料,例如视频、测验以及软件访问权限,仅在课程期间内可用。

我需要使用该软件才能参加这门课程吗?我需要另外购买该软件吗?

在课程期间,您将能够使用Maestro、Bioluminate、Materials Science Maestro和/或LiveDesign的网络版(具体取决于课程内容)。您无需单独购买任何软件的使用权限。虽然课程结束时软件使用权限将终止,但课程中的部分资料(幻灯片、论文和教程)可供下载,以便您在课程结束后查阅。 其他材料,例如视频、测验以及软件使用权限,仅在课程期间内有效。请注意,Schrödinger软件仅限用于与课程相关的目的。

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