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高品質なリガンドライブラリの設計


化学空間の探索、リガンドライブラリのプロファイリングと最適化、ドッキングモデルの検証、およびヒット化合物の発見に向けた列挙法

詳細
利用可能な言語
中国語、英語、日本語、韓国語
所要時間
5週間/最大20時間
レベル
中級
費用
学生以外のユーザーは715ドル
学生・ポスドク:270ドル
コースの期間
5週間にわたる自主学習コースです。コース登録時に開始日と終了日を選択していただきます。その期間中は、コース教材や仮想ワークステーションに非同期でアクセスでき、ご自身のスケジュールに合わせて学習を進めることができます。

仮想リガンドライブラリと物理リガンドライブラリの両方が大幅に拡大するにつれ、ハイスループット仮想スクリーニングなどのヒット発見ワークフローに活用する前に、これらのライブラリをターゲットやプロジェクトに合わせて絞り込み、プロファイリングすることへの関心が高まっている。

シュレーディンガーのオンライン講座「高品質なリガンドライブラリの設計」では、ライブラリ設計のベストプラクティスに加え、モデル検証のためのリガンドの準備方法や活用方法について学びます。 

このコースは、資格やバッジを取得することで、キャリアアップを図り、履歴書を充実させたい方に最適です。

  • シュレーディンガーの業界をリードする「Maestro」およびコマンドラインインターフェースを実際に操作して体験する
  • 進行中のプロジェクトに直接応用できる手法を学ぶことで、研究プログラムをスムーズにスタートさせましょう
  • 反応に基づく列挙からライブラリのプロファイリングに至るまで、さまざまなトピックを学びます
  • コースの内容を確実に習得していることを示すため、独自にケーススタディを実施する
  • コースの課題やコースに関する質問について、シュレーディンガー・エデュケーション・チームの専門家によるレビューやフィードバックを活用できます
  • コース期間中は、ご自身の都合に合わせて、いつでも自由に教材に取り組んでください。

 

本コースでは、コース受講に必要なライセンスおよび計算リソースが備わった、Web版シュレーディンガー・ソフトウェアへのアクセス権が付与されます:

要件
  • 安定した高速インターネット接続(8 Mbps以上)が利用できるコンピュータ
  • マウスおよび/または外部モニター(推奨されますが、必須ではありません)
  • 一般化学の実務知識
  • Maestroの実務知識。本コースでは、シュレーディンガーのグラフィカルユーザーインターフェースであるMaestroの操作方法については解説しません。Maestroの使用に慣れるため、当社の「Maestro入門」リソースをぜひご一読ください。
認証
  • シュレーディンガー講座の責任者が署名した証明書
  • LinkedInなどのソーシャルメディアに投稿できるバッジ
背景柄

学習内容

実化学空間および理論化学空間の基本概念

ベンダーライブラリをプロファイリングしてその構成を評価し、さまざまな列挙作業を行って、インシリコで列挙されたライブラリを生成する

図書館の設計プロセス

多様性を維持しつつ、明らかな欠点を排除するためのリガンドライブラリの選別に関する戦略と考慮点を学ぶ

モデル検証のためのエンリッチメント計算

研究プロジェクトに適したデコイ/未知のリガンドを構築するための、一般的なデコイ生成ツールや、さまざまな代替手法について学びます

HTVSにおける図書館設計の将来的な応用

ターゲットやプロジェクト固有の要件を満たすリガンドライブラリを、自らの判断で作成し、自身のスキルを実践してください

モジュール

モジュール1
2時間

ハイスループット仮想スクリーニングにおける高品質なリガンドライブラリの価値

チェックポイント
シラバスと学生行動規範

学術的誠実性に対する期待

動画
動画
  • コース概要
  • バーチャルスクリーニングの概要動画と、バーチャルスクリーニング・ワークフローにおける高品質なリガンドライブラリの重要性
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール2
6時間

化学空間の生成と市販のリガンドライブラリの活用

動画
動画
  • 化学空間を生成する方法
  • 商用ライブラリとライブラリ設計プロセスの理解
チュートリアル
チュートリアル
  • R基および反応に基づく列挙
  • ライブラリのプロファイリング
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール3
4時間

リガンドライブラリの選別と調製

動画
動画
  • リガンドライブラリのスクリーニング戦略
  • バーチャルスクリーニングのためのリガンド調製とHTVSの今後の展開
チュートリアル
チュートリアル
  • サブストラクチャおよび負債のフィルタリングを実行する
  • LigPrepを実施し、形状スクリーニングの準備を行う
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール4
4時間

モデル検証のためのリガンドライブラリの構築

動画
動画
  • モデル検証におけるリガンドライブラリの目的
  • おとりリガンドセットを生成するその他の手法
チュートリアル
チュートリアル

エンリッチメント解析用のデコイリガンドセットを生成、フィルタリング、前処理し、適用する

チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール5
6時間

最後のケーススタディ:独自にリガンドライブラリを設計する

動画
動画
  • ケーススタディの概要
  • ケーススタディの結果と講座の締めくくり
チュートリアル
チュートリアル

新規プロジェクト向けのリガンドライブラリの生成、選別、整備、および評価

課題
課題

ケーススタディの結果を検討し、議論する

コース修了
コースの修了と認定

シュレーディンガー・オンライン講座の資金調達についてサポートが必要ですか?

私たちは次世代の科学者を誇りを持って支援しており、経済的な余裕のない方々にも機会を提供することに尽力しています。学生、ポスドク、あるいは産業界の科学者として、当社のオンライン認定コースを受講するための資金援助制度についてご確認の上、今すぐお申し込みください!

卒業生の声

「このコースは、プロファイリングやリガンドのフィルタリングなど、入門コースでは扱われなかった追加の概念を学べただけでなく……、大規模ライブラリからヒット化合物を特定するための基準についても学べたため、非常に役に立ちました。」
フリーボーン・ルウェレ スタンフォード大学医学部講師
「このコースは、HTVSを実施する前にバーチャルライブラリを準備し、事前スクリーニングを行うことがなぜ重要なのかについて、素晴らしい入門となりました。このコースのおかげで、私のチームは顧客と協業する際に現場で何が起きているのかを理解できるようになり、より良いサポートの提供につながると確信しています。また、自社でバーチャルライブラリを構築する際、どのような化合物を含めるべきかを検討する上でも、このコースは大変参考になります。」
デレン・コセオグルのポートレート写真
デレン・コセオグル eMolecules 営業担当副社長
「これは、大規模な化合物ライブラリから創薬候補となる化合物を特定する方法を学ぶ上で、非常に優れたコースでした。ケーススタディで学んだ知識を応用することができ、大変有意義でした。今後の研究でもこの知識を活用できることを楽しみにしています。」
ケイト・コステンコワ ミネソタ大学学生
「計算化学を教えてくれる優秀な教授陣がいるのは素晴らしいことです。インシリコによるリガンドライブラリの構築は、多くの場面で極めて有用なスキルだと思います。計算生物学者として、このスキルがカリキュラムに含まれていることは大変喜ばしいことです。今回のプログラム全体に心から感謝しています。やはりシュレーディンガーは最高ですね。」
アンドレス・R・Ch・プラダ 生物学者。生物統計学修士。計算生物学修士。アンデス大学分子生物学修士
「正直なところ、このコースを本当に楽しめましたし、多くのことを学びました。他の計算化学者の方にも、ぜひこのコースをお勧めしたいと思います。」
サラ・ヴェルホフ エモリー大学博士課程学生
「ソフトウェア工学の幅広い知識を持つデータエンジニアとして、このコースは、計算化学者との連携能力に非常に大きなプラスの影響を与えてくれました。このコースは理論と実践の絶妙なバランスを備えており、同僚のためにパイプラインを設計する際に技術的な判断を下すために必要な科学的背景を身につけることができました。」
リリアン・キャンベル
リリアン・キャンベル データエンジニア、オディティ・ラボ
「このコースでは、リガンドライブラリの設計に関する実践的で実地的なトレーニングを受け、バーチャルスクリーニングに向けた化合物の選定を最適化するスキルを身につけることができました。ケーススタディやツールは、私の創薬業務に直接応用できるものであり、今では、特性、多様性、標的との関連性に基づいてライブラリを絞り込むことに自信が持てるようになりました。この知識は、構造ベースのプロジェクトにおける私の研究効率と意思決定を向上させてくれるでしょう。」
劉偉亮 済南大学学生
「物理化学的性質、構造的多様性、および形状に基づくフィルタリングに関する詳細な議論を通じて、ヒット率を最大化しつつ不必要な複雑さを最小限に抑えるライブラリの設計方法について、理解を深めることができました。特に有益だったのは、理論的な概念を実際のシナリオに応用することの重要性が強調されていた点です。全体として、このコースを通じて、創薬の初期段階に貢献する能力が大幅に向上しました。」
リンキー・シン パデュー大学 博士研究員
「このコースのおかげで、未加工のリガンドライブラリを、バーチャルスクリーニングにすぐに活用できる、整理された医薬品候補のようなデータセットへと変換する方法を理解することができました。チュートリアルは実践的で、今では自身の研究においてLigPrepやcanvasSearchといったツールを自信を持って活用できるようになりました。計算機支援創薬に携わるすべての方々に、このコースを強くお勧めします。」
ダニア・バワジル キング・アブドゥルアズィーズ大学 遺伝学専攻 修士課程学生

コースのバッジと修了証で、新たに身につけたスキルをアピールしましょう

当社の分子モデリングコースを修了し、学んだことを同僚や雇用主に共有する準備が整ったら、LinkedInのプロフィールに修了証やバッジを掲載することができます。

よくある質問

「Library Design」のオンラインコースの受講料はいくらですか?

料金はコースごと、および受講者の区分によって異なります。本コースを受講希望の学生の方には、学生料金として255ドル、学生以外の方には680ドルをご用意しています。

講義は何時からですか?

コースのセッションが始まると、すべての講義は非同期形式となり、自分のペースで視聴できる動画やチュートリアル、課題などを都合の良い時に利用することができます。

このコースの受講料はどうやって支払えばいいですか?

受講をご希望の方は、登録手続きを完了し、クレジットカード決済ポータルをご利用いただくことで、即座にコースのお支払いが可能です。デビットカードはご利用いただけませんので、クレジットカードが必要となります。なお、ご要望に応じて発注書を発行することも可能です。このオプションをご希望の場合は、online-learning@schrodinger.com までメールにてご連絡ください。コースのお支払い方法についてご質問がある場合は、当サイトの「支払い方法」ページをご覧ください。

登録する前に、コースの内容をどのように確認できますか?
学生向けの奨学金の制度はありますか?

シュレーディンガーは、経済的に恵まれない学生を支援することに尽力しています。シュレーディンガーの使命は、治療薬や材料の発見方法に変革をもたらすことで、人々の健康と生活の質を向上させることです。シュレーディンガーは、次世代の科学者を支援できることを誇りに思っています。当社は、経済的支援を必要としていることが証明でき、かつ指導教員からの推薦状を提出できる、フルタイムの学生またはポスドクを対象とした奨学金プログラムを設立しました。 当奨学金プログラムの応募資格を満たす方は、ぜひ申請フォームにご記入ください!

コース終了後も教材は引き続き利用できますか?

コースが終了するとソフトウェアへのアクセスは終了しますが、コース内の教材の一部(スライド、論文、チュートリアルなど)はダウンロード可能となっており、コース終了後も参照することができます。一方、動画、クイズ、ソフトウェアへのアクセス権などのその他の教材は、コース期間中のみ利用可能です。

このコースを受講するには、そのソフトウェアへのアクセス権が必要ですか? ソフトウェアは別途購入する必要がありますか?

コース期間中は、Maestro、Bioluminate、Materials Science Maestro、および/またはLiveDesign(コースによって異なります)のウェブ版をご利用いただけます。ソフトウェアの利用権を別途購入する必要はありません。コース終了とともにソフトウェアへのアクセスは終了しますが、コース内の資料の一部(スライド、論文、チュートリアルなど)はダウンロード可能となっており、コース終了後も参照することができます。 動画、クイズ、ソフトウェアへのアクセス権などのその他の教材は、コース期間中のみご利用いただけます。シュレーディンガー社のソフトウェアは、コースに関連する目的でのみご利用いただくようお願いいたします。

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