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配体设计工具

适用于苗头化合物 到先导化合物 的直观、交互式3D配体设计,以及先导化合物 优化

配体设计工具

概述

Ligand Designer 提供功能强大且易于使用的 3D 可视化和配体构建功能,这些功能均经过科学验证,同时让您能够乐在其中地设计 2D 或 3D 配体修饰,并观察这些变化可能对蛋白质-配体复合物结构产生的影响。 “配体设计器”突破了3D信息可视化的复杂性,运用增强现实(AR)技术,让您能够分层显示相关信息(包括一个创新的“生长空间”),从而快速识别出最适合进行配体修饰的位置。

Ligand Designer 让常见的药物化学策略触手可及,从而使 3D 设计流程变得更加普及。该工具可通过Maestro 和LiveDesign 获取。

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借助自动化专家工具,轻松设计和评估创意

具有全引导式工作流的交互式设计

  • 自动对齐 2D 和 3D 设计
  • 执行生物等价体替换和等价体扫描
  • 形成蛋白质-配体相互作用
  • 配体的环化
  • 识别并排开不稳定的水体
  • 使用多受体模式对选择性 进行优化

Ligand Designer 的优势

引导式设计

通过手动或引导式设计,自主选择探索路径以评估创意。系统内置了常见的药物化学工作流,助您自动测试创意,避免信息过载。

随心设计

在2D模式下进行设计,并在workspace 中查看结构;在2½D模式下进行设计,查看结合口袋的示意图及关键信息;或者在3D模式下进行设计,并实现全面控制。

自动化专家工具

通过可视化复合物的几何结构,轻松评估配体变化的影响,同时过滤掉不必要的信息干扰,从而激发新的灵感。控制项已预先编程,可满足您的功能需求。

根据您的项目量身定制化学方案

通过使用易于合成的枚举法或R基团枚举法,将其调整为符合您感兴趣的化学领域。

强大的内置技术

Glide 分子对接, Ligand Designer 中采用了基于 R 基团库或 Pathfinder 的自动化构思功能,以及 Prime 的 Macrocycle、BREED 和 WaterMap 等工具。

通往平静水域的地图

利用WaterMap计算“水合位点”的熵和焓,从而优化SAR、提高活性并调整选择性 。

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

学习路径:环肽建模

关于药物发现中环肽 所用工具和工作流的系统性概述。

生命科学 教程

使用“配体设计器”构建RNA与配体的相互作用

使用“配体设计器”修改与RNA受体结合的配体,以改善其结合能力亲和力 。

生命科学 文档

配体设计工具

在蛋白质或DNA/RNA受体背景下,通过交互式设计配体,以优化其结合能力和性质。

生命科学 教程

利用WaterMap引导的先导化合物 优化 与Ligand Designer

使用“配体设计器”(Ligand Designer)置换不稳定的水分子,并优化苗头化合物 分子。

生命科学 教程

《化学家指南》Maestro

对药物化学家在构思阶段有用的Maestro 基础任务,以及先导化合物 优化 。

生命科学 教程

利用……进行药物研发大环化合物

采样、分子对接 以及先导化合物 优化 来自大环化合物 。

生命科学 教程

使用“配体设计器”构建蛋白质-配体相互作用

使用“配体设计器”(Ligand Designer)构建蛋白质-配体相互作用,并优化苗头化合物 分子。

相关产品

进一步了解可用于推进您研究项目的相关计算技术。

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一款易于使用的药效团建模解决方案,适用于配体导向和结构导向的药物设计

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培训与资源

在线认证课程

通过分子建模 的实践性在线课程,提升您的技能水平。这些可自主安排学习进度的课程涵盖了广泛的科学主题,并提供Schrödinger 软件的使用权限及技术支持。

教程

了解如何将Schrödinger 软件的技术和最佳实践应用于您的项目,以确保项目成功。查找培训资源、教程、快速入门指南、视频等内容。