目标激活课程:配体与蛋白质的示意图

目标启用、准备和验证


利用X射线晶体学、冷冻电镜、机器学习方法和同源建模获得蛋白质结构,以支持基于结构的计算工作流

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可用语言
中文、英语、日语、韩语
时长
从选定的开始日期起,5周内最多20小时
级别
中级
成本
非学生用户需支付 715 美元
学生/博士后 270美元
谁适合参加这门课程?
药物化学家、化学信息学家、机器学习科学家、新一代计算化学家以及结构生物学家

概述

随着X射线晶体学、冷冻电镜以及最近兴起的机器学习(ML)方法所获得的晶体结构数量激增,针对基于结构的计算工作流,对用于结构准备、精修和验证的工具及工作流的需求日益增长。

施罗丁格的在线课程《目标启用、准备与验证》将提供专家指导和最佳实践,帮助您为潜在的基于结构的计算建模工作流(如虚拟筛选、分子动力学模拟和自由能扰动计算)做好项目准备。

本课程非常适合希望通过获得证书和徽章来提升职业能力、丰富简历的人士。

  • 亲身体验施罗丁格公司业界领先的Maestro软件及其命令行界面
  • 通过学习可直接应用于当前项目的研究方法,为您的研究计划开个好头
  • 学习从优化AlphaFold结构到识别隐蔽口袋等各类主题
  • 独立完成一项案例研究,以证明已掌握课程内容
  • 您可以获得施罗丁格教育团队专家对课程作业及课程相关问题的评审和反馈
  • 在课程期间,您可以根据自己的时间安排,在方便的时候自主学习课程材料。

 

本课程提供基于网页的薛定谔软件(Schrödinger)的使用权限,并配备了课程所需的许可和计算资源:

要求
  • 一台配备可靠高速互联网连接(8 Mbps 或更高)的计算机
  • 鼠标和/或外接显示器(推荐但非必需)
  • 具备普通化学和结构生物学方面的实用知识
  • 具备Maestro的基本操作知识。本课程不会教授如何操作Schrödinger的图形用户界面Maestro。请先学习我们的《Maestro入门指南》相关资料,以熟悉Maestro的使用方法。
认证
  • 由薛定谔课程负责人签发的证书,可添加至您的简历中
  • 一枚可以发布到社交媒体(例如领英)上的徽章
背景图案

您将学到什么

X射线和冷冻电镜结构

了解针对质量各异的实验结构进行准备和优化方面的最佳实践

机器学习预测的结构与同源建模

学习处理和优化机器学习预测结构(例如来自AlphaFold的结构)以及同源模型的最佳实践

结合位点鉴定

了解如何评估小分子结合位点的成药性,以及如何寻找和表征潜在的隐蔽口袋

目标的未来赋能

通过对现有结构进行彻底检查、分析及优化,独立完成目标系统的启用,从而运用您的技能

模块

第1模块
2小时

目标实现方法与结构验证的价值

视频
视频

课程概述

检查点
课程大纲与荣誉守则

对学术诚信的期望

视频教程
视频
  • 结构验证在药物发现计算实验中的重要性
  • 常见目标赋能方法的比较
结束检查点
模块结束检查点
第2模块
5小时

起点:X射线晶体结构和低温电子显微镜结构

视频
视频

结构可用性与实验注意事项

教程
教程:
  • 结构质量指标
  • 检验工作流程
  • 蛋白质的制备
  • 基本优化
结束检查点
模块结束检查点
第3模块
4小时

起点:AlphaFold结构和同源模型

视频
视频

生成、检查和验证 AlphaFold 模型及同源模型

教程
教程
  • 获取和审查 AlphaFold 结构
  • 同源建模
  • 模型优化方法
结束检查点
模块结束检查点
第4模块
5小时

下一步:结构的高级制备、优化和验证

视频
视频

针对更具挑战性的靶点的优化与验证方法

教程
教程
  • 手动蛋白质制备
  • 网站地图
  • 混合溶剂分子动力学
  • WaterMap
结束检查点
模块结束检查点
第5模块
4小时

案例研究:为计算药物发现准备并验证分子结构

视频
视频
  • 案例研究概述
  • 案例研究结果与课程总结
教程
教程

结构检查、准备和验证

作业
作业

审查并讨论案例研究的结果

课程结业
课程结业与证书

需要帮助申请施罗丁格在线课程的资金吗?

我们自豪地支持新一代科学家,并致力于为资源有限的人士提供机会。无论您是学生、博士后还是行业科学家,都可以了解我们在线认证课程的资助方案,并立即报名!

校友心声

“本课程旨在应对当前高精度蛋白质预测方法已广泛应用的情况下,加速药物发现这一迫切需求。我强烈推荐这门课程。”
王伟,伊坎医学院助理教授

通过课程徽章和证书,展示你新掌握的技能

当您完成我们提供的分子建模课程,并准备将所学知识分享给同事和雇主时,可以在您的 LinkedIn 个人资料中展示您的证书和徽章。

常见问题

Target的启用、准备和验证在线课程费用是多少?

课程费用因课程不同及学员类型而异。对于希望参加本课程的学生,我们提供240美元的学生价;非学生则为645美元。

讲座是什么时候?

课程开始后,所有课程均为异步进行,您可以根据自己的时间安排,随时观看自主学习的视频、教程并完成作业。

我该如何支付这门课程的费用?

有兴趣的参与者可通过完成注册并使用信用卡支付通道进行即时报名来支付课程费用。请注意,您必须使用信用卡支付,因为我们不接受借记卡。此外,我们可根据要求提供采购订单,如需此选项,请发送电子邮件至 online-learning@schrodinger.com。如果您对课程付款方式有任何疑问,请访问我们的“付款方式”页面。

如何在注册前预览课程?
是否有面向学生的奖学金机会?

施罗丁格致力于为资源有限的学生提供支持。施罗丁格的使命是通过革新药物和材料的发现方式,改善人类健康和生活质量。施罗丁格自豪地支持新一代科学家。我们设立了一项奖学金计划,面向能够证明有经济困难并获得学术导师支持声明的全日制学生或博士后。 如果您符合我们的奖学金计划申请条件,请填写申请表!

课程结束后,学习资料还能继续使用吗?

虽然课程结束时将无法再访问该软件,但课程中的部分资料(幻灯片、论文和教程)可供下载,以便您在课程结束后随时查阅。其他资料,例如视频、测验以及软件访问权限,仅在课程期间内可用。

我需要使用该软件才能参加这门课程吗?我需要另外购买该软件吗?

在课程期间,您将能够使用Maestro、Bioluminate、Materials Science Maestro和/或LiveDesign的网络版(具体取决于课程内容)。您无需单独购买任何软件的使用权限。虽然课程结束时软件使用权限将终止,但课程中的部分资料(幻灯片、论文和教程)可供下载,以便您在课程结束后查阅。 其他材料,例如视频、测验以及软件使用权限,仅在课程期间内有效。请注意,Schrödinger软件仅限用于与课程相关的目的。

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