ターゲット活用コース:リガンドとタンパク質の画像

ターゲットの有効化、準備、および検証


X線結晶構造解析、低温電子顕微鏡法、機械学習手法、およびホモロジーモデリングによるタンパク質構造の取得を、構造ベースの計算ワークフローに活用する

詳細
利用可能な言語
中国語、英語、日本語、韓国語
所要時間
選択した開始日から5週間にわたり、最大20時間
レベル
中級
費用
学生以外のユーザーは715ドル
学生・ポスドク:270ドル
このコースはどのような方に適していますか?
医薬品化学者、ケミインフォマティクス研究者、機械学習(ML)研究者、新世代の計算化学者、および構造生物学者

概要

X線結晶構造解析、低温電子顕微鏡(クライオ-EM)、そして最近では機械学習(ML)手法によって得られる構造データが爆発的に増加するにつれ、構造に基づく計算ワークフロー向けに、構造データの準備、精製、検証を行うためのツールやワークフローへのニーズが高まっています。

シュレーディンガーのオンラインコース「ターゲットの活用、準備、および検証」では、バーチャルスクリーニング、分子動力学シミュレーション、自由エネルギー摂動計算など、構造ベースの計算モデリングワークフローに向けたプロジェクトを推進するための専門的なガイダンスとベストプラクティスを提供します。

このコースは、資格やバッジを取得することで、キャリアアップを図り、履歴書を充実させたい方に最適です。

  • シュレーディンガーの業界をリードする「Maestro」およびコマンドラインインターフェースを実際に操作して体験する
  • 進行中のプロジェクトに直接応用できる手法を学ぶことで、研究プログラムをスムーズにスタートさせましょう
  • AlphaFold構造の精緻化から、隠れたポケットの特定に至るまで、幅広いトピックを学びます
  • コースの内容を確実に習得していることを示すため、独自にケーススタディを実施する
  • コースの課題やコースに関する質問について、シュレーディンガー・エデュケーション・チームの専門家によるレビューやフィードバックを活用できます
  • コース期間中は、ご自身の都合に合わせて、いつでも自由に教材に取り組んでください。

 

本コースでは、コース受講に必要なライセンスおよび計算リソースが備わった、Web版シュレーディンガー・ソフトウェアへのアクセス権が付与されます:

要件
  • 安定した高速インターネット接続(8 Mbps以上)が利用できるコンピュータ
  • マウスおよび/または外部モニター(推奨されますが、必須ではありません)
  • 一般化学および構造生物学に関する実務知識
  • Maestroの実務知識。本コースでは、シュレーディンガーのグラフィカルユーザーインターフェースであるMaestroの操作方法については解説しません。Maestroの使用に慣れるため、当社の「Maestro入門」リソースをぜひご一読ください。
認証
  • シュレーディンガー講座の責任者が署名した修了証書(履歴書や職務経歴書に添付可能)
  • LinkedInなどのソーシャルメディアに投稿できるバッジ
背景柄

学習内容

X線および低温電子顕微鏡による結晶構造

品質の異なる実験構造を準備・精緻化するためのベストプラクティスを学ぶ

MLによる構造予測とホモロジーモデリング

(AlphaFoldなどによる)機械学習で予測された構造やホモロジーモデルを扱い、改良するためのベストプラクティスを学びます

結合部位の同定

低分子の結合部位の創薬適性を評価する方法、および潜在的な隠れたポケットの探索と特性評価について学びます

ターゲットの将来的な有効化

利用可能な構造の徹底的な調査、分析、および改良を通じて、対象を自律的に稼働させることで、自身のスキルを実践する

モジュール

モジュール1
2時間

対象の活用手法と構造的検証の価値

動画
動画

コース概要

チェックポイント
シラバスと学生行動規範

学術的誠実性に対する期待

動画チュートリアル
動画
  • 創薬における計算実験における構造検証の重要性
  • 一般的なターゲット対応手法の比較
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール2
5時間

出発点:X線結晶構造および極低温電子顕微鏡による構造

動画
動画

構造の入手可能性と実験上の考慮事項

チュートリアル
チュートリアル:
  • 構造の品質指標
  • 検査ワークフロー
  • タンパク質の調製
  • 基本的な改良
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール3
4時間

出発点:AlphaFoldによる構造およびホモロジーモデル

動画
動画

AlphaFoldおよびホモロジーモデルの生成、検証、および妥当性確認

チュートリアル
チュートリアル
  • AlphaFoldの構造データの取得と確認
  • ホモロジーモデリング
  • モデルの精緻化手法
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール4
5時間

今後の手順:構造の詳細な準備、精緻化、および検証

動画
動画

より困難な標的に対する精緻化および検証手法

チュートリアル
チュートリアル
  • 手動によるタンパク質の調製
  • サイトマップ
  • 混合溶媒分子動力学
  • WaterMap
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール5
4時間

事例研究:計算機支援創薬のための構造の構築と検証

動画
動画
  • ケーススタディの概要
  • ケーススタディの結果と講座の締めくくり
チュートリアル
チュートリアル

構造検査、準備、および検証

課題
課題

ケーススタディの結果を検討し、議論する

コース修了
コースの修了と認定

シュレーディンガー・オンライン講座の資金調達についてサポートが必要ですか?

私たちは次世代の科学者を誇りを持って支援しており、経済的な余裕のない方々にも機会を提供することに尽力しています。学生、ポスドク、あるいは産業界の科学者として、当社のオンライン認定コースを受講するための資金援助制度についてご確認の上、今すぐお申し込みください!

卒業生の声

「このコースは、高精度なタンパク質予測手法が容易に利用できるようになった今、創薬の加速という喫緊の課題に取り組むために設計されました。このコースを強くお勧めします。」
ウェイ・ワン アイカーン医科大学 助教

コースのバッジと修了証で、新たに身につけたスキルをアピールしましょう

当社の分子モデリングコースを修了し、学んだことを同僚や雇用主に共有する準備が整ったら、LinkedInのプロフィールに修了証やバッジを掲載することができます。

よくある質問

Targetの導入、準備、および検証に関するオンラインコースの受講料はいくらですか?

料金はコースごと、および受講者の区分によって異なります。本コースを受講希望の学生の方には学生料金として240ドル、学生以外の方には645ドルをご用意しています。

講義は何時からですか?

コースのセッションが始まると、すべての講義は非同期形式となり、自分のペースで視聴できる動画やチュートリアル、課題などを都合の良い時に利用することができます。

このコースの受講料はどうやって支払えばいいですか?

受講をご希望の方は、登録手続きを完了し、クレジットカード決済ポータルをご利用いただくことで、即座にコースのお支払いが可能です。デビットカードはご利用いただけませんので、クレジットカードが必要となります。なお、ご要望に応じて発注書を発行することも可能です。このオプションをご希望の場合は、online-learning@schrodinger.com までメールにてご連絡ください。コースのお支払い方法についてご質問がある場合は、当サイトの「支払い方法」ページをご覧ください。

登録する前に、コースの内容をどのように確認できますか?
学生向けの奨学金の制度はありますか?

シュレーディンガーは、経済的に恵まれない学生を支援することに尽力しています。シュレーディンガーの使命は、治療薬や材料の発見方法に変革をもたらすことで、人々の健康と生活の質を向上させることです。シュレーディンガーは、次世代の科学者を支援できることを誇りに思っています。当社は、経済的支援を必要としていることが証明でき、かつ指導教員からの推薦状を提出できる、フルタイムの学生またはポスドクを対象とした奨学金プログラムを設けています。 当奨学金プログラムの応募資格を満たす方は、ぜひ申請フォームにご記入ください!

コース終了後も教材は引き続き利用できますか?

コースが終了するとソフトウェアへのアクセスは終了しますが、コース内の教材の一部(スライド、論文、チュートリアルなど)はダウンロード可能となっており、コース終了後も参照することができます。一方、動画、クイズ、ソフトウェアへのアクセス権などのその他の教材は、コース期間中のみ利用可能です。

このコースを受講するには、そのソフトウェアへのアクセス権が必要ですか? ソフトウェアは別途購入する必要がありますか?

コース期間中は、Maestro、Bioluminate、Materials Science Maestro、および/またはLiveDesign(コースによって異なります)のウェブ版をご利用いただけます。ソフトウェアの利用権を別途購入する必要はありません。コース終了とともにソフトウェアへのアクセスは終了しますが、コース内の資料の一部(スライド、論文、チュートリアルなど)はダウンロード可能となっており、コース終了後も参照することができます。 動画、クイズ、ソフトウェアへのアクセス権などのその他の教材は、コース期間中のみご利用いただけます。シュレーディンガー社のソフトウェアは、コースに関連する目的でのみご利用いただくようお願いいたします。

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