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Schrödinger テクノロジーを研究に活用する方法を、手早く学びましょう。概要から詳細な解説まで、アプリケーション、ワークフロー、分析に関する情報をこちらでご覧いただけます。

はじめにMaestro 動画 ライフサイエンス
はじめにMaestro

Maestro の基本操作を紹介する無料動画シリーズです。

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Maestro BioLuminate の使い始め 動画 ライフサイエンス
Maestro BioLuminate の使い始め

Maestro の「Bioluminate」の基本操作を紹介する無料動画シリーズです。

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ドキュメント

パネルやワークフローに関する包括的なリファレンス資料。

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フィルター

チュートリアル

Schrödinger のツールに慣れるための、サンプルファイル付き、さまざまなワークフローを段階的に解説した自己学習用ガイドです。

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化学者のためのガイド：Maestro

創薬化学者がアイデアの創出やリード化合物の最適化を行う際に役立つ、Maestro の基本的な操作。

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自由エネルギーの摂動を用いたBACE1阻害剤の設計

FEP+ を使用して、一連の BACE1 阻害剤について、自由エネルギー摂動（FEP）シミュレーションの準備、実行、および解析を行います。

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Multiple Sequence Viewer/Editor を用いたキメラホモロジーモデリング

Multiple Sequence Viewer/Editor（MSV）を使用して、キメラホモロジーモデルを構築します。

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構造 の構築と可視化入門

『リガンド 』および『Maestro 』におけるタンパク質構造の調製と可視化。

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BioLuminate およびマルチプル配列ビューア／エディタの概要

酵素を調製・可視化し、残基 の保存性を配列解析で調べ、MSVを用いてホモロジーモデルを構築する。

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Multiple Sequence Viewer/Editor を使用したホモロジーモデルの構築

MSV を使用してホモロジーモデルを構築・精緻化する。

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Multiple Sequence Viewer/Editor を用いたバッチホモロジーモデリング

MSV を使用して、単一のテンプレートから複数のホモロジーモデルを構築します。

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リガンド Designer を用いた WaterMap に基づくリード最適化

リガンド Designer を使用して、不安定な水を置換し、ヒット分子を最適化します。

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「リガンド 」デザイナーを用いたタンパク質とリガンド との相互作用の形成

「リガンド 」デザイナーを用いて、タンパク質とリガンド との相互作用を構築し、ヒット分子を最適化します。

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DeepAutoQSARを用いたADMETモデルの学習と評価

大規模なデータセットを用いて、水溶性を予測するための2つのモデルを構築し、検証する。

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膜結合タンパク質に対するIFD-MD法の適用

IFD-MD用に膜結合タンパク質を設定し、結果を可視化する。

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構造- 以下の技術を用いたバーチャルスクリーニングGlide

受容体 のグリッドをドッキング用に準備し、分子をドッキングさせ、ドッキング後の姿勢を検証します。

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MM-GBSAを用いたドッキング済みリガンドの再評価

結合ポーズを最適化し、小規模なバーチャルスクリーニングの結果を再評価する。

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MacroModelおよびConfGenを用いた低分子の立体構造解析

関連する低分子化合物のねじれプロファイルを調査し、その立体構造が分子内および分子間の相互作用にどのように影響するかを明らかにする。

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ターゲット SiteMapとWaterMapを用いた分析

同定 受容体 上の潜在的な活性部位。

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WaterMapを用いた結合部位の要件の特定とリード化合物の最適化

WaterMapおよびWM/MMスコアリングの結果を同定 の不安定な水和物について検討し、リガンド の結合を評価する。

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A2Aと結合した膜結合型FEP+

FEP+ を使用して、一連の A2A 阻害剤について、膜結合タンパク質を用いた自由エネルギー摂動（FEP）シミュレーションの準備、実行、および解析を行います。

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ライブラリ 設計用の列挙ツール

列挙ツールを用いて、CDK2阻害剤のリード最適化に向けたライブラリを設計する。

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共有結合した分子に対するIFD-MD法の適用リガンド

共有結合したリガンド に対してIFD-MDを設定し、結果を可視化する。

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動画

特定の入門トピックや科学的なトピックに関する短い動画解説。新機能の概要も含まれています。

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Maestro プロジェクトの設定

「Maestro 入門」動画シリーズの第1弾：作業ディレクトリ、プロジェクトの保存、マウス操作のカスタマイズについて。

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構造体のインポートとレンダリングMaestro

「Maestro 入門」動画シリーズの第2弾：Protein Data Bank（PDB）からの構造データのインポート、選択と組み込み、スタイル設定。

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  • 動画
[ ] におけるオブジェクトやアプリケーションとのやり取りMaestro

「Maestro 入門」動画シリーズの第3弾：Maestro での右クリックの使い方、お気に入りツールバー、タスクの操作方法。

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2Dおよびリガンド アラインメントにおけるリガンドの修飾Maestro

「Maestro 入門」動画シリーズの第4弾：2Dスケッチャー、リガンド の配置。

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3D空間における化合物の修飾Maestro

「Maestro 入門」動画シリーズの第5弾：3D Builder を使った新規化合物の設計。

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Workspace オン/オフを切り替えるMaestro

「Maestro 入門」ビデオシリーズの第6弾：workspace のトグル機能、シーケンスビューアについて。

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構造 の階層構造の使用と、Maestro

「Maestro 入門」動画シリーズの第7弾：構造 の階層構造 サーフェスの追加。

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リガンド 相互作用図と画像の生成Maestro

「Maestro 入門」動画シリーズの第8弾：リガンド のインタラクション図 画像の共有。

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リガンド 準備とJob Monitor についてMaestro

「Maestro 入門」ビデオシリーズの第9弾：LigPrep を使用した「リガンド 」の準備、Job Monitor 、リガンド の配置。

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タンパク質構造の決定におけるMaestro

「Maestro 入門」動画シリーズの第10弾：Protein Preparation Workflow を使用したタンパク質調製、 Glide によるドッキング計算の設定。

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リガンド Designer を使用した、R-グループ のターゲットを絞った列挙Maestro

「Maestro 入門」動画シリーズの第11弾：R-グループ の列挙とリガンド Designerでのドッキング、MPOのカスタマイズ、リガンド Designerの出力の後処理。

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BioLuminateプロジェクトの設定

「Maestro BioLuminate 動画シリーズ：はじめの一歩」の第1弾動画：作業ディレクトリの変更、プロジェクトの保存など。

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  • 動画
BioLuminate での構造のインポートとレンダリング

「Maestro BioLuminate ビデオシリーズ：はじめに」の第2弾動画：Protein Data Bank（PDB）からの構造データのインポート、選択と組み込み、およびworkspace のスタイル設定オプションについて。

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BioLuminate におけるオブジェクトやアプリケーションとのやり取り

「Maestro BioLuminate 動画シリーズ：はじめの一歩」の第3弾：BioLuminateでの右クリックの活用方法、サーフェスの管理。

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BioLuminate でのアプリケーションとのやり取りとお気に入り登録

「Maestro BioLuminate ビデオシリーズ：はじめに」の第4弾：お気に入りツールバー、 「タスク」メニューの操作方法。

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  • 動画
BioLuminateにおけるWorkspace のトグル機能と構造 階層の概要

「Maestro BioLuminate ビデオシリーズ：入門編」の第5弾動画：workspace トグル、構造 階層、構造 階層への抗体アノテーションの追加、および測定の実行について解説しています。

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  • 動画
残基 の番号付け変更とBioLuminateのプロジェクトテーブルをいち早くご紹介

「Maestro BioLuminate ビデオシリーズ：はじめに」の第6弾動画：チェーンの名前変更と「残基 」、プロジェクトテーブルについて。

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クイックリファレンスシート

パネルやワークフローを視覚的に説明した1ページのPDF。

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2Dスケッチャー
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絶対結合親和性FEP+
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  • クイックリファレンスシート
GPUShape
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  • クイックリファレンスシート
等体積マッチング
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LigPrep
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PrimeX
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  • クイックリファレンスシート
Protein Preparation Workflow
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  • クイックリファレンスシート
反応に基づく列挙
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  • クイックリファレンスシート
残基 スキャン
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222件の結果が見つかりました
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低分子の膜透過性

一連の低分子化合物の膜透過性を予測する。

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仮想スクリーニングおよび結合ポーズ予測

あらかじめ定義された、あるいはカスタム設定の反応化学を用いて、受容体 に共有結合で結合するリガンドのセットをドッキングします。

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GPUを用いた化合物ライブラリの迅速スクリーニングShape

GPUShape を使用して、20,000化合物 の化合物ライブラリ に対して、形状に基づく迅速なスクリーニングを実行します。

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Multiple Sequence Viewer/Editor を用いたキメラホモロジーモデリング

Multiple Sequence Viewer/Editor（MSV）を使用して、キメラホモロジーモデルを構築します。

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Multiple Sequence Viewer/Editor を用いた抗体の配列アノテーション

「Multiple Sequence Viewer/Editor（MSV）」を使用して、抗体配列に残基 レベルの特性をアノテーションします。

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Multiple Sequence Viewer/Editor を使用したホモロジーモデルの構築

MSV を使用してホモロジーモデルを構築・精緻化する。

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BioLuminate およびマルチプル配列ビューア／エディタの概要

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Multiple Sequence Viewer/Editor を用いたバッチホモロジーモデリング

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IFD-MD を用いたクロスドッキング

IFD-MDを用いて、別のリガンド で解かれたホロ構造 を起点として、既知の活性化合物 の結合姿勢の予測を生成する。

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「リガンド 」デザイナーを用いたタンパク質とリガンド との相互作用の形成

「リガンド 」デザイナーを用いて、タンパク質とリガンド との相互作用を構築し、ヒット分子を最適化します。

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幾何学的最適化、汎関数、および基底集合の概要

単純な有機分子に対して幾何最適化を行い、関数や基底関数セットに関する基礎を学ぶ。

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遷移状態の特定：第1部

標準的な有機金属反応の遷移状態（TS）を、標準的なTS探索、座標スキャン、およびAutoTSの3つの手法を用いて特定する。

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