Schrödinger の全世界のオフィスは、社員全員が休息を取り、リフレッシュするための全社的な取り組みの一環として、8月17日から21日までの1週間、休業いたします。この期間中は、お問い合わせへの対応が制限される場合がございますので、あらかじめご了承ください。科学・技術サポートチームのメンバーは、緊急のサポート案件への対応のみ行います。

背景柄

アクティブ・ラーニングの活用例

機械学習を活用して発見を加速させる

広大な領域にわたる発見を拡大する化合物空間

「Active Learning Applications」は、物理ベースのデータ(FEP+ の予測親和性やGlide のドッキングスコアなど)を用いて機械学習(ML)モデルを学習させる強力なツールであり、ライブラリ の全データセットから反復的にサンプリングされたデータを使用します。

学習済みのモデルは、新しい分子に対する予測を迅速に生成し、超大規模な化合物ライブラリの中からスコアが最も高い化合物を同定 することができ、そのコストと処理速度は総当たり法に比べてごくわずかです。

創薬分野における主な応用例

アクティブ・ラーニングGlide
超大規模ライブラリから有望なヒット化合物を発見する

Glide のドッキング機能と最先端の機械学習モデルを組み合わせることで、数十億もの化合物を従来の数分の1の時間でスクリーニングできます。アクティブラーニングを活用すれば、Glide を用いて超大規模ライブラリを網羅的にドッキングした場合に見つかるであろう上位ヒットの約70%を、わずか0.1%のコストで再現できます。

アクティブ・ラーニングFEP+
リード化合物の最適化における多様な化合物空間 を探求する

アクティブラーニング(FEP+ )を活用し、複数の仮説に対して同時に、数万から数十万もの候補化合物を探索することで、活性 を維持または向上させつつ、他の設計目標も達成できる化合物を迅速に同定 します。

FEP+ プロトコルビルダー
完全に自動化されたワークフローにより、FEP+ の活用を促進し、難易度の高いシステムへの対応を効率化します

デフォルト設定では十分な性能が得られないシステムに対して、正確なFEP+ プロトコルを迅速に生成します。「FEP+ Protocol Builder」は、アクティブラーニングのワークフローを用いてプロトコルパラメータ空間を反復的に探索し、正確なFEP+ プロトコルを構築します。これにより、研究者の時間を節約し、FEP+ を正常に有効化できる可能性を高めます。

詳細はこちら

アクティブ・ラーニング計算機

Glide (すべての化合物をドッキング)

日

のコストを計算する

能動的学習Glide

もっと速く
日

のコストを計算する

化合物について

プロジェクトの数値を入力して(ボックスに打ち込むか、スライダーを使用してください)、計算時間とコストを比較してください。

*推定される顧客の演算コストのみです(CPU 1時間あたり0.06ドル、GPU 1時間あたり0.35ドルを基準としています)。AL-Learningの推奨ハードウェアについては、Glide をご覧ください。
ライセンス費用は含まれていません。お見積もりについては、
までお問い合わせください。本試算では、最良のリガンド100万個が最終モデルとドッキングされると仮定しています。

デ・ノボ設計のワークフロー

Schrödingerの「De Novo Design Workflow」は、超大規模な化合物空間 の探索および精選を行うための、完全に統合されたクラウドベースの設計システムです。

この技術は、ヒット分子やリードシリーズを起点として、複数の化合物 列挙戦略と高度なフィルタリングカスケード(AutoDesigner)、および自由エネルギー計算を用いた厳密な活性 スコアリング(Active LearningFEP+ )を組み合わせることで、プロジェクトの主要な基準を満たし、かつ合成が可能な分子を特定します。

ドキュメントとチュートリアル

Schrödingerのソフトウェアに関するよくある質問への回答や、その活用におけるベストプラクティスをご確認ください。

ライフサイエンス チュートリアル

Generativeを用いた超大規模ライブラリのスクリーニングGlide

生成型機械学習アプローチを用いて、10億規模のライブラリを24時間でスクリーニングする。

ライフサイエンス ドキュメント

アクティブ・ラーニングの活用例

アクティブラーニング「Glide 」のドキュメント(オンラインヘルプおよびユーザーマニュアルを含む)。

ライフサイエンス チュートリアル

アクティブラーニングを用いた大規模なリガンド ライブラリの評価Glide

Active Learning(Glide )を使用して、1Mのリガンド (ライブラリ )を分析するための仮想スクリーンを設定します。

関連商品

研究プロジェクトを前進させるために活用できる関連の計算技術について、詳しくご覧ください。

Glide

業界をリードするリガンド-受容体 ドッキングソリューション

FEP+

創薬のための高性能な自由エネルギー計算

デ・ノボ設計のワークフロー

超大規模な化合物空間 の探索と精緻化のための、完全に統合されたクラウドベースのデザインシステム

出版物

関連する応用分野において、Schrödinger 技術を採用した査読付き論文の一覧をご覧ください。

ライフサイエンス 出版物

創薬プロジェクトにおけるキノーム全体の選択性を実現するための自由エネルギー計算の活用:Wee1の事例研究

ライフサイエンス 出版物

生成AIと物理ベースのアクティブラーニングフレームワークを融合させた創薬設計の最適化

ライフサイエンス 出版物

アクティブ・ラーニングFEP:ALプロトコルと化学的多様性が性能に与える影響

ライフサイエンス 出版物

化学生物学における機械学習のデータ不足問題を解決する手段としてのFEPによるデータ拡張

ライフサイエンス 出版物

「Pathfinder」を活用した化合物空間 探索と、Glide (IFD)およびQSARに基づくアクティブラーニング手法を併用した多パラメータ最適化による、FEP+ 計算に向けたSARS-CoV-2 PLpro阻害剤の設計案の優先順位付け

ライフサイエンス 出版物

シュレーディンガー計算プラットフォームを用いた新規d-アミノ酸オキシダーゼ阻害剤クラスの発見

ライフサイエンス 出版物

AutoDesigner:リード化合物の最適化に向けた大規模な化合物空間 を迅速に探索するためのDe Novo設計アルゴリズム:D-アミノ酸オキシダーゼ阻害剤の設計および合成への応用

材料科学 出版物

深層ニューラルネットワークとハイスループット分子シミュレーションを活用した、目的指向型生成モデルによる有機電子材料の設計

ライフサイエンス 出版物

大規模な列挙、機械学習戦略、および自由エネルギー予測による創薬プロジェクトへの影響

ライフサイエンス 出版物

ドッキングと深層学習を用いた化合物空間 の効率的な探索

トレーニングとリソース

オンライン認定コース

実践的なオンライン分子モデリング講座で、スキルをさらに向上させましょう。これらの講座は自分のペースで学習でき、幅広い科学的なトピックを網羅しているほか、Schrödinger ソフトウェアの利用権とサポートも含まれています。

チュートリアル

プロジェクトを成功に導くために、Schrödinger ソフトウェアの技術とベストプラクティスを導入する方法をご確認ください。トレーニングリソース、チュートリアル、クイックスタートガイド、動画などをご利用いただけます。