LigPrep
構造 を基盤とするワークフロー向けの、汎用性の高いリガンド 用準備ツール
概要
LigPrep これは、構造 を用いたバーチャルスクリーニングやその他の計算ワークフロー向けに、高品質な低分子リガンド 構造を堅牢かつ迅速に生成するためのツールです。LigPrep は、入力情報に基づいてタウトマー状態、イオン化状態、環のコンフォメーション、および立体異性体を拡張することで、分子の関連する状態を3D空間で完全に捉えます。
主な機能
1D、2Dの分子構造を3Dへ容易に変換すると同時に、構造的および化学的な可能性を綿密に検討し、その後のモデリング予測の精度を確保します。
ユーザーが指定した基準を満たさない化合物を自動的に除外することで、完全にカスタマイズされたリガンド （ライブラリ ）を構築します。
下流のシミュレーションワークフローの要件を満たすよう、出力構造を最適化する
クラスタ内の多数のプロセッサに分散可能な計算において、単一のCPU上で1秒あたり1リガンド のペースでデータベース全体を一度に効率的に処理する
ドキュメントとチュートリアル
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出版物
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