Shape 上映
リガンド を用いた、数百万から数十億の分子を対象とした効率的な仮想スクリーニング
概要
Shape スクリーニングは、リガンド に基づくワークフローであり、市販または合成可能な超大規模な化合物 ライブラリを効率的にスクリーニングするためのものです。化学的に直感的なリガンド の配列は、参照化合物リガンド との形状の重なり具合の質に基づいてスコア付けされます。Shape スクリーニングは、既知の参照化合物リガンド とトポロジ的に異なっていても、活性を示す潜在的なヒット分子を特定することができ、リガンド に基づく強力なスクリーニング手法となっています。
1つのアクセスライセンスで、複数のShape スクリーニングワークフローにアクセスできます
クイックShape
Shape のGPU性能を30%上回る速度で、1000億から1000兆個の分子を保存・スクリーニングするとともに、ハードディスクの要件を100分の1に削減します
Shape GPU
GPUによる高速化を施したハイスループット仮想スクリーニングを、数百万の分子を対象に、毎秒約11,000回の比較処理で実行する
Shape CPU
複数のCPUを用いて、数十万から数百万の分子を迅速にスクリーニングする
主な機能
一般的なスキャフォールドについて、直感的で情報量が多く、高品質な3Dアライメントを生成する
同定 1つから10億を超える化合物までの、ライブラリにおける真のヒット
Enamine、Mcule、Molport、WuXi、Millipore Sigma、Sigma-Aldrichなどのベンダーが提供する、あらかじめ調製された化合物 ライブラリを活用して、スクリーニングをスムーズに開始しましょう。
1つのアクセスライセンスで、複数のShape スクリーニングワークフローにアクセスできます
Shape のスクリーニングワークフローの説明
| ワークフロー | 説明 | ライブラリ サイズ | スクリーニングにかかる時間 4.0B（日） | スクリーニングにかかる時間 6.5B（日） | 6.5B（TB）分のストレージ容量 |
|---|---|---|---|---|---|
| クイックShape | 1D-SIM*プレフィルターとShape によるCPUスクリーニングの組み合わせ | > 40億 | 5.2 | 5.5‡ | 0.4 |
| Shape GPU | GPUによる高速化された3Dスクリーニング | < 5.0 billion | 4.6 | 7.5‡ | 33 |
| Shape CPU | CPUベースの3Dスクリーニング | < 10 million | NA | NA | NA |
超大規模ライブラリ時代のQuickShapeスクリーニング
1Dおよび3Dの両方のアプローチを組み合わせた自動化された段階的ワークフロー「QuickShape」についてご紹介します。このツールにより、数十億分子規模のライブラリ に対して、効率的な3D-Shape スクリーニングが可能になります。
Shape スクリーニング用に用意された市販ライブラリを活用することで、計算時間と労力を節約できます。
Schrödinger 当社は、主要なプロバイダーと提携し、数百万から数十億に及ぶ化合物からなる、フラグメント、リード様、ニア・ドラッグ様、およびドラッグ様化合物の商用データベースへのアクセスを支援しています。これらは、広範な化合物空間 を網羅しています。
ドキュメントとチュートリアル
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出版物
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