PyMOL講座用のアスピリン分子の背景画像

PyMOL 3 を使った科学の可視化

詳細
利用可能な言語
中国語、英語、日本語、韓国語
所要時間
3週間で最大15時間
レベル
はじめに
費用
このコースは、正常に動作するPyMOL 3がインストールされており、有効なライセンスをお持ちの方ならどなたでも無料で受講できます。
コースの期間
3週間にわたる自主学習
コースに登録する際、3週間のコースセッションの開始日を選択していただきます。セッションが開始されると、コースコンテンツに非同期でアクセスできるようになります。そのため、3週間の期間内であれば、ご自身のスケジュールに合わせて、実践的なチュートリアル、チェックポイント、および動画制作課題を完了することができます。

概要

「PyMOL 3 による科学の可視化」オンライン認定コースで、生化学の理解を深め、PyMOL を使った動画制作の力を引き出す方法を学びましょう。

シュレーディンガーのオンラインコース「PyMOL 3 を使った科学の可視化」では、アップデートされた分子可視化システム「PyMOL 3」の操作方法を学び、高品質な画像や魅力的な動画を作成する方法を習得できるほか、シュレーディンガープラットフォーム上の科学データを直接 PyMOL 3 に取り込む方法も学べます。

この3週間の 自主学習 コースは 、PyMOLの初心者から経験者まで、あらゆるユーザーを対象に、PyMOL 3を紹介することを目的としています。

受講要件
このコースを受講するには、ご自身でインストールした PyMOL 3 を使用し、有効なライセンスを所持している必要があります。

PyMOL 3のインストールおよびライセンスについては、こちらをクリックしてください
 

推奨事項
  • 実践的な学習効果を最大限に高めるためには、3ボタンマウスと大型モニター、あるいは追加のモニターのご使用をお勧めします。これにより、ご自身のPyMOL 3環境を使いながら、コースの動画チュートリアルを視聴し、操作を再現するのがより容易になります。
  • DNAの構造、アミノ酸の構造、タンパク質の構造といった化学物質や高分子の構造に関する理解、および化学結合や化学反応に関するある程度の知識があれば役立ちますが、必須というわけではありません。
認証
  • シュレーディンガー講座の責任者が署名した修了証書(履歴書や職務経歴書に添付可能)
  • LinkedInなどのソーシャルメディアに投稿できるバッジ
背景柄

学習内容

PyMOL 3 インターフェースの操作の基本を学ぶ

PyMOLを初めて使う方からベテランユーザーまで、PyMOL 3をご紹介します。構造データのインポートやセッションファイルの保存から、選択範囲やオブジェクトの作成・操作、プリセットのカスタマイズ、さらには出版物にも使える高品質な画像のレイトレーシングまでを網羅しています。

PyMOL 3 でシーンベースのムービーを素早く簡単に作成する

Schrodingerスイートからの結果をPyMOLに直接取り込み、研究成果を視覚的に表現しましょう。ワークスペースのビューを保存し、それらを補間して、わずか数回のクリックで魅力的な科学的ストーリーを伝える方法を学びましょう。

高度な動画制作機能を実際に体験しよう

新しいPyMOL 3のタイムラインでは、構造オブジェクトを変形させたり、カメラアングルを自由に調整したり、複数のトラックを使ってスタイル設定を変更したりできます。ダイナミックなカメラプログラムと、NMR構造や分子動力学(MD)軌跡などの多状態オブジェクトを組み合わせることで、動きを活かした魅力的な動画を作成できます。

コースのワークフローを活用して、自分だけの魅力的な科学ストーリーを視覚的に語りましょう

PyMOL 3のスキルと本コースで学んだベストプラクティスを活かし、ご自身で選んだ構成やスタイルを用いて、科学的な知見を創造的な動画制作課題を通じて発信してください。

モジュール

モジュール1
1時間

「PyMOL 3 を用いた科学の可視化入門」コース

動画
動画
  • コースの範囲、認定、および名誉規範
  • PyMOL 3のご紹介
課題
ガイダンス
  • PyMOL 3 および Maestro のインストールとライセンス
  • 講座に関するサポートとよくある質問
チェックポイント終了
名誉規範に関する合意とチェックポイント
モジュール2
5時間

PyMOL 3 インターフェースの操作の基本

動画チュートリアル
動画チュートリアル
  • PyMOL 3 セッションの開始方法
  • オブジェクトおよび選択範囲の定義と書式設定
  • 科学的ストーリーテリングのための構造物の調査
  • バインディングポケットの選択、相互作用、およびラベル付け
  • プリセットの作成と編集
  • ビュー、画像、レイトレーシングの保存
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール3
3時間

PyMOL 3 での簡単・スピーディーな動画作成

動画チュートリアル
動画チュートリアル
  • Maestroでシーンを作成し、科学的なストーリーを伝える
  • MaestroからPyMOL 3にシーンを送信してムービーを作成する
  • PyMOL 3 でシーンを保存し、タイムラインに追加してムービーを作成する
チェックポイント終了
モジュール終了時のチェックポイント
モジュール4
6時間

PyMOL 3 による高度な動画作成

動画チュートリアル
動画チュートリアル
  • ギズモを使ったオブジェクトの変形とカメラビューの保存
  • タイムライン・プログラムおよび透明性に関するサブトラック
  • 複数状態のムービーの作成
  • 分子動力学の軌跡を用いた映画の制作
コース修了
認証

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私たちは次世代の科学者を誇りを持って支援しており、経済的な余裕のない方々にも機会を提供することに尽力しています。学生、ポスドク、あるいは産業界の科学者として、当社のオンライン認定コースを受講するための資金援助制度についてご確認の上、今すぐお申し込みください!

卒業生の声

「『PyMOL 3 を使った科学の可視化』のコースは、非常に魅力的で楽しく学べました。各モジュールは理解しやすく、PyMOL 3 の新機能についても詳しく解説されていました。」
ジョシュア・フェルナンデス ニューヨーク・シティ・カレッジ・オブ・テクノロジーの学生
「このコースは、PyMOL 3 を使った分子可視化のスキルを磨くだけでなく、自分の研究で活用できるその他のツールについても学ぶことができた点で、私にとって非常に役立ちました。PyMOL 3 で作成される動画や画像の品質は素晴らしく、今後も仕事の中で PyMOL 3 を定期的に活用していくつもりです。」
アン・ミン・トラン ウィーン農業大学(BOKU)ポスドク研究員
「PyMOLの初心者にも上級者にも、間違いなく役立つ、映画制作に関する素晴らしい短期集中講座です。」
ライリー・オサチェイ・ブラウン ボストン大学大学院
「このコースを受講する中で、PyMOL 3には大幅な機能向上が見られることに気づきました。新たに追加された『Scenes』タブと『Timeline』タブのおかげで、高品質な画像や動画の作成が格段に簡単になりました。」
ハジ・アスラン・オヌル・イシュチル アクデニズ大学学生
「このコースはとても役に立ちました。PyMOLのさまざまな機能や、MD軌跡を使って動画を作成する方法をたくさん学ぶことができました」
シンドゥ・タンガラジ ジュビラント・バイオシス 上級研究員

コースのバッジと修了証で、新たに身につけたスキルをアピールしましょう

当社の分子モデリングコースを修了し、学んだことを同僚や雇用主に共有する準備が整ったら、LinkedInのプロフィールに修了証やバッジを掲載することができます。

よくある質問

PyMOLのオンラインコースの受講料はいくらですか?

このコースは、PyMOLのライセンスをお持ちの方なら無料で受講できます。本コースの受講、課題の提出、および修了証の取得には、ご自身でPyMOL 3をインストールし、ライセンスを所有している必要があります。

PyMOL 3 をインストールするにはどうすればよいですか?

手順はこちらをご覧ください:

なぜPyMOL 3のライセンスが必要なのでしょうか?また、どのように入手すればよいのでしょうか?

PyMOLは、オープンソースを基盤とするユーザー支援型の分子可視化システムであり、Schrödinger社によって保守・配布されています。これは商用製品(通称「Incentive PyMOL」)ですが、Schrödinger社はPyMOLのソースコードの大部分を、寛容なライセンス(「Open Source PyMOL」として知られる)の下で自由に利用できるようにしています。

このオープンソースプロジェクトはシュレーディンガー社によって維持管理されており、その資金は最終的にPyMOLライセンスを購入するすべての人々によって賄われています。スポンサーになることで、加入者は契約期間中のソフトウェアアップグレード、英語によるテクニカルサポート、および公式オンラインドキュメントへのアクセス権を得ることができます。PyMOL 3は最近開発された最新リリースであるため、その新機能の多くは当面の間、インセンティブ加入者のみが利用可能です。 例えば、PyMOL 3の「タイムライン」(動画作成に使用)は、有効なライセンスが検出された場合にのみ機能します。スポンサーとなり、Incentive PyMOLライセンスを取得するには:

PyMOL 3のライセンスはどのようにインストールすればよいですか?

ライセンスファイルをダウンロードしてください。ワークステーションに保存し、PyMOLからライセンスの入力を求められた際に、そのファイルを選択してください。詳細については、こちらの案内に従ってください:

Incentive PyMOLのライセンスの有効期限が切れてしまった場合は、どうすればよいですか?

スポンサーとなり、商用ライセンスまたはサイト全体ライセンスの更新用として「Incentive PyMOL 3」ライセンスを取得するには、sales@schrodinger.com までお問い合わせください。

このコースを受講するには、どの程度の科学的な知識が必要ですか?

このコースでは、科学の可視化に焦点を当てています。DNAの構造、アミノ酸の構造、タンパク質の構造といった化学物質や高分子の構造に関する理解、および化学結合や反応、静電相互作用に関するある程度の知識があると役立ちますが、本コースの主眼はPyMOL 3の使い方です。 多くの分子、ターゲット、ワークフローの科学的背景についてさらに詳しく知りたい場合は、Schrödinger Online Certificationが提供するその他のライフサイエンスコースや材料科学コースをご覧ください。Schrödingerプラットフォームで科学的研究を行い、PyMOLを使ってその成果を世界に発信することをお勧めします。

なぜこのコースを受講すべきなのでしょうか?

本コースは、PyMOLを初めて使用する方から既に利用されている方まで、科学的な可視化や動画制作におけるPyMOL 3の実践的な使用経験を積めるように設計されています。

当社のコースプラットフォームを通じて本コースを受講するメリットは、体系的な学習教材、動画チュートリアル、入力ファイルやPyMOLセッションファイルのサンプル、インタラクティブなチェックポイントクイズ、そしてシュレーディンガーの科学者が添削を行う最終課題(動画制作)にアクセスできる点にあります。 コースのすべての要素を修了すると、「Visualizing Science with PyMOL 3」コースの修了証と、LinkedInやソーシャルメディアのプロフィールに掲載できるバーチャルバッジを取得できます。

シュレーディンガーのオンラインコースの修了証とバーチャルバッジは、当コースの修了生がシュレーディンガー社のソフトウェアやベストプラクティスに関する経験や理解を示すために頻繁に活用されています。当社のオンラインコースの詳細や、受講生の声の一部については、以下をご覧ください。 履歴書やCV、あるいは専門能力開発の成果として、コース修了証を記載し、新たに身につけたスキルをアピールしましょう!

コース修了証を取得するにはどうすればよいですか?

コース修了証とバーチャルバッジを取得するには、コースのすべてのレッスン、チェックポイント、課題を完了(完了率:100%)する必要があります。 チェックポイントのクイズは自動採点され、何度でも再受験が可能です。モジュール4の最後にある動画制作課題では、PyMOL 3を使用して、任意の構成や結果に基づき、科学的なストーリーを伝える動画を作成する必要があります。アップロードされた動画はシュレーディンガーの科学者によって手動で審査され、承認されるとこの課題は「完了」となり、コース修了証の取得資格が得られます。

コースの受講期間はどのくらいですか?

本コースへの登録、すなわちcourses.schrodinger.comプラットフォームを通じて学習教材にアクセスできる期間は、登録確認メールおよびコースプラットフォームのログイン情報を取得した日から3週間有効です。コースの修了には15時間以内を目安としていますが、ご自身のスケジュールを適切に計画し、登録期間が終了する前に、学習したい教材を確実に進め、復習するようにしてください。 さらに時間が必要な場合は、コースプラットフォーム内で延長を申請するオプションが用意されています。

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