FEP+ 生物製剤向け
創薬に向けた高性能な自由エネルギー計算
創薬に向けた高性能な自由エネルギー計算
FEP+ Schrödingerが独自に開発した、物理学に基づく自由エネルギー摂動技術です。生物製剤の創薬プロジェクトにおいて を活用することで、実験手法と同等の精度(約1 kcal/mol以内)で、タンパク質変異の影響を計算機上で予測することができます。FEP+
タンパク質とその…に対する結合親和性を高める、あるいは低下させるターゲット
あるタンパク質が、あるターゲット に対して別の よりも優先的に結合するように調整する
複数の標的にわたる結合範囲の拡大
2つのタンパク質間のpH依存的な結合または解離を設計する
タンパク質由来の生物学的製剤の物理的安定性を高める
溶解性、化学的安定性、物理的安定性などの特性を最適化する
抗体、抗原、ペプチド、酵素、およびその他の生物学的製剤の最適化において、変異がタンパク質の安定性やタンパク質間結合親和性に及ぼす影響を正確に定量化する。
複数の部位における単一変異を同時に迅速にモデル化することで、変異の影響を一貫性があり信頼性の高い形で予測し、FEP+ の計算効率を劇的に向上させます。
当社のワークフローでは、FEP+ (残基 )およびScan and Protein(FEP+ )の各技術を活用し、タンパク質の変異を正確かつ効率的に探索することで、安定性、結合親和性、特異性、pH依存性結合、および交差反応性を同時に最適化することを可能にしています。
MM/GBSA、FEP+ 残基 Scan、およびProteinFEP+ による計算結果(y軸)と、kcal/mol単位で示された相対的な実験的親和性測定値(x軸)との相関プロット。すべての計算は同一のシステム上で実行された。プロリンへの変異およびプロリンからの変異については、現時点ではFEP+ 残基 Scanの結果から除外されている。各プロットの左上にピアソン相関係数(R²)が表示されている。
Katz D 他. Mar. Drugs 2021, 19(7), 367.
Haufe Y 他. ACS Chem Neurosci. 2023, 14, 24, 4311–4322.
FEP+ の利用が初めての方は、相対結合自由エネルギー摂動(FEP)計算の基本概念について、改めて確認しておきましょう。
Schrödingerのソフトウェアに関するよくある質問への回答や、その活用におけるベストプラクティスをご確認ください。
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